64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_R0004 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0054  tRNA-Ser  95.29 
 
 		 88 bp  137  5e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.40887  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0061  tRNA-Ser  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0072  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  129  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0088  tRNA-Ser  94.19 
 
 		 89 bp  123  7e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0007  tRNA-Ser  95.89 
 
 		 88 bp  121  3e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0008  tRNA-Ser  91.76 
 
 		 88 bp  113  7.000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0008  tRNA-Ser  91.76 
 
 		 88 bp  113  7.000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.443501 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0065  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 86 bp  107  4e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.773691 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0010  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 89 bp  99.6  1e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.314795  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0075  tRNA-Ser  91.78 
 
 		 88 bp  97.6  4e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0009  tRNA-Ser  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00450491 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0007  tRNA-Ser  89.41 
 
 		 88 bp  97.6  4e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.846387  normal  0.194729 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0011  tRNA-Ser  91.78 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.213585  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0009  tRNA-Ser  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0053  tRNA-Ser  97.96 
 
 		 88 bp  89.7  1e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451369  hitchhiker  0.000135525 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0009  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 88 bp  89.7  1e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0008  tRNA-Ser  97.96 
 
 		 89 bp  89.7  1e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0008  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 89 bp  83.8  0.000000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0034  tRNA-Ser  95.83 
 
 		 88 bp  79.8  0.00000000000009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0059  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.826409  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0009  tRNA-Ser  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.528641  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1402  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0008  tRNA-Ser  86.05 
 
 		 89 bp  67.9  0.0000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02690  tRNA-Ser  91.84 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.599018  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28870  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.132157  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36730  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.441005 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0053  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0008  tRNA-Ser  90.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0009  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.503093  normal  0.84111 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0059  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0162637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0053  tRNA-Ser  90.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.308091 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14041  tRNA-Ser  89.8 
 
 		 89 bp  58  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.197809 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0052  tRNA-Ser  89.8 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.407966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0054  tRNA-Ser  89.8 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25970  tRNA-Ser  89.8 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0055  tRNA-Ser  89.8 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0827616  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0089  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0062  tRNA-Ser  84.06 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0471  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04660  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.321239  normal  0.959578 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0003  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.774544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0532  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.936136  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154466  normal  0.0269773 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0066  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0076  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0052  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.495975  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0036  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.121176  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0016  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.367308  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0010  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.870532  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.437466  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0060  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1568  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.45522  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>