238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_R0057 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_R0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154466  normal  0.0269773 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0032  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0060  tRNA-Ser  91.03 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 92 bp  93.7  7e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 90 bp  89.7  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  88.46 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2051  tRNA-Ser  88.46 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1941  tRNA-Ser  88.46 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0533  tRNA-Ser  88.46 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0631  tRNA-Ser  88.46 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.985518  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2014  tRNA-Ser  88.46 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0295784  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 92 bp  83.8  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0785  tRNA-Ser  88.46 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1078  tRNA-Ser  88.46 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381421  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4596  tRNA-Ser  88 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0062  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.633699 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  87.65 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  87.65 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0532  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 95 bp  73.8  0.000000000006  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.936136  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0064  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2453  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4234  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0023  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  86.42 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  86.42 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0040  tRNA-Ser  89.06 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0048  tRNA-Ser  85 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0798542  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0047  tRNA-Ser  85 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03460  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.12073  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0034  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0024  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.220366  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    84.34 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  84.34 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  84.34 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  84.34 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  84.34 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  84.34 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0020  tRNA-Ser  84.34 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.437466  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0043  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00175988  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1742  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0902657  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0051  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.656743  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0057  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.159641  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0048  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0060  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000793536  hitchhiker  0.00142352 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0033  tRNA-Ser  85.14 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0022  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.058085  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4233  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  87.72 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.250098  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  85.19 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0017  tRNA-Ser  86.3 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer02  tRNA-Ser  100 
 
 		 97 bp  58  0.0000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0006  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0008  tRNA-Ser  83.53 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0017  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0015  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0005  tRNA-Ser  83.75 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.087026  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  84.52 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07713  tRNA-Ser  85.53 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0008  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0016  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266045  normal  0.745909 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNASerVIMSS1309205  tRNA-Ser  83.75 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.98258  normal  0.324955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0008  tRNA-Ser  83.13 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.1071  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0075  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000781608  hitchhiker  0.00063206 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0088  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0044  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0279967  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0062  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0062  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0062  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0060  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0029  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467256 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0043  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027845  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0033  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.597346 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0059  tRNA-Ser  82.22 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00206074  hitchhiker  0.00144451 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  83.53 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0317  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer01  tRNA-Ser  82.22 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0568907  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>