297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hneap_R0008 on replicon NC_013422
Organism: Halothiobacillus neapolitanus c2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013422  Hneap_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.1071  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0886  tRNA-Ser  90.22 
 
 		 94 bp  95.6  2e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000841076  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0993  tRNA-Ser  90.22 
 
 		 92 bp  95.6  2e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000644963  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  89.16 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0045  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  87.95 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  87.95 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  87.95 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0015  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 93 bp  85.7  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0015  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 93 bp  85.7  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  87.95 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0020  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 93 bp  85.7  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716898  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  87.95 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  87.95 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0656  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 95 bp  85.7  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  87.95 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNASerVIMSS1309205  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.98258  normal  0.324955 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0005  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.087026  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0021  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.146581  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0081  tRNA-Ser  89.29 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000993348  decreased coverage  0.0000000440433 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309091  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0010  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0032  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0039  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000174136  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0008  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.183333  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0008  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna9  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.475347  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0047  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00947013  normal  0.245138 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309375  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.748623  hitchhiker  0.000994808 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNASerVIMSS1309106  tRNA-Ser  86.25 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0014  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0037  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.489158 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309260  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0023  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.0000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0039  tRNA-Ser  87.32 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151181 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer02  tRNA-Ser  87.01 
 
 		 97 bp  69.9  0.0000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  85.88 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000164961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  85.88 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0008  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000307717  hitchhiker  0.0000000040984 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0048  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0798542  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0047  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  85.88 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  85.88 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t018  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000138338  hitchhiker  0.0000000303397 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0090  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00126509  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0120  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000721492  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0897  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 95 bp  65.9  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000417881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0102  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000140281  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4271  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 95 bp  65.9  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  9.700030000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0054  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000379646  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0111  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000122567  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0114  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000117562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0203  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.829329  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t025  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000628867  hitchhiker  0.000000193085 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0096  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000162455  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000880643  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0105  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000566393  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000137453  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0018  tRNA-Ser  85.87 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0238889  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNASerVIMSS1309165  tRNA-Ser  85 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0016  tRNA-Ser  84.34 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266045  normal  0.745909 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0008  tRNA-Ser  84.34 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4302  tRNA-Ser  85.92 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0357702  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0017  tRNA-Ser  84.34 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0009  tRNA-Ser  85.92 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.509163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0044  tRNA-Ser  85.92 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.134546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0015  tRNA-Ser  84.34 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0008  tRNA-Ser  84.34 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0060  tRNA-Ser  84.34 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna107  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000883231  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t090  tRNA-Ser  85.88 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0038  tRNA-Ser  85.88 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000174054  normal  0.534316 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0076  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000654825  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0078  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000727042  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0044  tRNA-Ser  85.88 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000325542  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03505  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  85.88 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191859  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>