296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_R0054 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A0897  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000417881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000379646  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4271  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  9.700030000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0027  tRNA-Ser  97.85 
 
 		 93 bp  168  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0072  tRNA-Ser  97.85 
 
 		 93 bp  168  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00236568  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0021  tRNA-Ser  97.85 
 
 		 93 bp  168  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.724963  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0025  tRNA-Ser  97.85 
 
 		 93 bp  168  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00144133  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0203  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  155  2e-36  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.829329  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0078  tRNA-Ser  95.7 
 
 		 93 bp  153  8.999999999999999e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000727042  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0076  tRNA-Ser  94.62 
 
 		 93 bp  145  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000654825  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 93 bp  139  1e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00050  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 93 bp  137  5e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000206027  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0020  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 93 bp  137  5e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.35698e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0024  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 93 bp  137  5e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000116075  hitchhiker  0.00382686 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3027  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 95 bp  137  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000838388  decreased coverage  0.00000641147 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2976  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 95 bp  137  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000227205  decreased coverage  0.0000509713 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0074  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 93 bp  137  5e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000641426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5063  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 93 bp  137  5e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000188963  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4692  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 95 bp  137  5e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.17965e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0031  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 93 bp  137  5e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000107168  unclonable  0.00000000962394 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2944  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 95 bp  137  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000934837  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3134  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 95 bp  137  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000254951  hitchhiker  0.00502595 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3941  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 95 bp  137  5e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000307752  normal  0.728872 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3011  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 95 bp  137  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00423056  hitchhiker  0.0000219403 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3291  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 95 bp  137  5e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.24422e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2817  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 95 bp  137  5e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000020425  hitchhiker  0.000210656 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna105  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 92 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000135439  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3128t  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3130t  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna107  tRNA-Ser  92.47 
 
 		 92 bp  121  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000883231  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03505  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 89 bp  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0075  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 93 bp  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03508  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 89 bp  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna9  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 93 bp  111  3e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.475347  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0047  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 93 bp  111  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00947013  normal  0.245138 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer02  tRNA-Ser  90.43 
 
 		 97 bp  107  5e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0008  tRNA-Ser  93.06 
 
 		 93 bp  103  7e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.183333  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0008  tRNA-Ser  93.06 
 
 		 93 bp  103  7e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0993  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 92 bp  99.6  1e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000644963  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0886  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 94 bp  99.6  1e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000841076  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  91.78 
 
 		 94 bp  97.6  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0039  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 92 bp  97.6  4e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000174136  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0066  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 93 bp  93.7  7e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00121253  normal  0.381565 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0015  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 93 bp  91.7  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0041  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0195063  normal  0.685776 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0010  tRNA-Ser  92.21 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.710813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0063  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0394171  normal  0.40754 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0010  tRNA-Ser  92.21 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.600875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0082  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 93 bp  85.7  0.000000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t68  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.613461  normal  0.197969 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0015  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 93 bp  83.8  0.000000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0656  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 95 bp  83.8  0.000000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0007  tRNA-Ser  88.31 
 
 		 94 bp  81.8  0.00000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.12584  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04528  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  79.8  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0104134  normal  0.589043 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0025  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  79.8  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0013  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  79.8  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0131326  normal  0.0455197 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0014  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  79.8  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000010946  hitchhiker  0.00318065 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0016  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  79.8  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.59957 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0002  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00386906  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0043  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.710531 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0020  tRNA-Ser  86.05 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716898  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0068  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 96 bp  75.8  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4609  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0042  tRNA-Ser  93.88 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00852582  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60450  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.287736  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0046  tRNA-Ser  87.01 
 
 		 94 bp  73.8  0.000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.506638  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2590  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0026  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000318313  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t084  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t090  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0009  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00103518  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2675  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0105  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000566393  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0046  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000960989  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000164961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0025  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112044  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0091  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0220813  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0059  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00785385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0059  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.233723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0120  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000721492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0044  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000325542  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1426  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0027  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.113277  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0111  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000122567  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2153  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3162  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.635575  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000137453  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>