298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HS_tSer02 on replicon NC_008309
Organism: Haemophilus somnus 129PT



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008309  HS_tSer02  tRNA-Ser  100 
 
 
97 bp  192  1e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0015  tRNA-Ser  94.51 
 
 
93 bp  133  9e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0656  tRNA-Ser  94.51 
 
 
95 bp  133  9e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  93.41 
 
 
93 bp  125  2e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0015  tRNA-Ser  93.41 
 
 
93 bp  125  2e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0021  tRNA-Ser  92.55 
 
 
93 bp  123  8e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.724963  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0072  tRNA-Ser  92.55 
 
 
93 bp  123  8e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00236568  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0027  tRNA-Ser  92.55 
 
 
93 bp  123  8e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0025  tRNA-Ser  92.55 
 
 
93 bp  123  8e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00144133  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0993  tRNA-Ser  93.41 
 
 
92 bp  117  5e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000644963  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0886  tRNA-Ser  93.41 
 
 
94 bp  117  5e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000841076  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0897  tRNA-Ser  90.53 
 
 
95 bp  109  1e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000417881  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4271  tRNA-Ser  90.53 
 
 
95 bp  109  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  9.700030000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0047  tRNA-Ser  92.31 
 
 
93 bp  107  5e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00947013  normal  0.245138 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna9  tRNA-Ser  92.31 
 
 
93 bp  107  5e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.475347  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0054  tRNA-Ser  90.43 
 
 
93 bp  107  5e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000379646  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0008  tRNA-Ser  93.15 
 
 
93 bp  105  2e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.183333  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0008  tRNA-Ser  93.15 
 
 
93 bp  105  2e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0020  tRNA-Ser  90.11 
 
 
93 bp  101  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716898  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  91.21 
 
 
92 bp  101  3e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  94.52 
 
 
91 bp  97.6  5e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3027  tRNA-Ser  88.42 
 
 
95 bp  93.7  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000838388  decreased coverage  0.00000641147 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3291  tRNA-Ser  88.42 
 
 
95 bp  93.7  7e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.24422e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3941  tRNA-Ser  88.42 
 
 
95 bp  93.7  7e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000307752  normal  0.728872 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2944  tRNA-Ser  88.42 
 
 
95 bp  93.7  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000934837  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2976  tRNA-Ser  88.42 
 
 
95 bp  93.7  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000227205  decreased coverage  0.0000509713 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3134  tRNA-Ser  88.42 
 
 
95 bp  93.7  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000254951  hitchhiker  0.00502595 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4692  tRNA-Ser  88.42 
 
 
95 bp  93.7  7e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.17965e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3011  tRNA-Ser  88.42 
 
 
95 bp  93.7  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00423056  hitchhiker  0.0000219403 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2817  tRNA-Ser  88.42 
 
 
95 bp  93.7  7e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000020425  hitchhiker  0.000210656 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00050  tRNA-Ser  88.3 
 
 
93 bp  91.7  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000206027  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0020  tRNA-Ser  88.3 
 
 
93 bp  91.7  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.35698e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0031  tRNA-Ser  88.3 
 
 
93 bp  91.7  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000107168  unclonable  0.00000000962394 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0024  tRNA-Ser  88.3 
 
 
93 bp  91.7  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000116075  hitchhiker  0.00382686 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5063  tRNA-Ser  88.3 
 
 
93 bp  91.7  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000188963  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0074  tRNA-Ser  88.3 
 
 
93 bp  91.7  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000641426  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  90.41 
 
 
93 bp  89.7  1e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0043  tRNA-Ser  93.15 
 
 
91 bp  89.7  1e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.710531 
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  90.41 
 
 
90 bp  85.7  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  90.41 
 
 
90 bp  85.7  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0203  tRNA-Ser  87.91 
 
 
93 bp  85.7  0.000000000000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.829329  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  90.41 
 
 
92 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  90.41 
 
 
92 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  90.41 
 
 
92 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  90.41 
 
 
92 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  90.41 
 
 
92 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  90.41 
 
 
92 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0045  tRNA-Ser  89.01 
 
 
90 bp  79.8  0.0000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  85.71 
 
 
94 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3128t  tRNA-Ser  87.95 
 
 
90 bp  77.8  0.0000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3130t  tRNA-Ser  87.95 
 
 
90 bp  77.8  0.0000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0066  tRNA-Ser  90.32 
 
 
93 bp  75.8  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00121253  normal  0.381565 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  91.94 
 
 
92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000164961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  91.94 
 
 
92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  91.94 
 
 
92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  91.94 
 
 
92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0078  tRNA-Ser  86.17 
 
 
93 bp  75.8  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000727042  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0027  tRNA-Ser  90.48 
 
 
94 bp  69.9  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.614719  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0002  tRNA-Ser  85.71 
 
 
93 bp  69.9  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000899468  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0008  tRNA-Ser  87.01 
 
 
90 bp  69.9  0.0000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.1071  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0038  tRNA-Ser  85.26 
 
 
95 bp  69.9  0.0000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000026023  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0002  tRNA-Ser  84.62 
 
 
94 bp  69.9  0.0000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00386906  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0096  tRNA-Ser  90.32 
 
 
92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000162455  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0029  tRNA-Ser  88.71 
 
 
93 bp  67.9  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.373926  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0038  tRNA-Ser  88.71 
 
 
93 bp  67.9  0.0000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0662946  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0111  tRNA-Ser  90.32 
 
 
92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000122567  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  90.32 
 
 
92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000880643  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0060  tRNA-Ser  88.71 
 
 
93 bp  67.9  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t025  tRNA-Ser  90.32 
 
 
92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000628867  hitchhiker  0.000000193085 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0090  tRNA-Ser  90.32 
 
 
92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00126509  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  90.32 
 
 
92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0076  tRNA-Ser  85.11 
 
 
93 bp  67.9  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000654825  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  90.32 
 
 
92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000137453  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0105  tRNA-Ser  90.32 
 
 
92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000566393  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0006  tRNA-Ser  88.71 
 
 
93 bp  67.9  0.0000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.214474  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0114  tRNA-Ser  90.32 
 
 
92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000117562  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0033  tRNA-Ser  88.71 
 
 
93 bp  67.9  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0102  tRNA-Ser  90.32 
 
 
92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000140281  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t018  tRNA-Ser  90.32 
 
 
92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000138338  hitchhiker  0.0000000303397 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  90.32 
 
 
92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0030  tRNA-Ser  88.71 
 
 
93 bp  67.9  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0120  tRNA-Ser  90.32 
 
 
92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000721492  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0030  tRNA-Ser  88.71 
 
 
93 bp  67.9  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.924636  hitchhiker  0.0000671123 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0043  tRNA-Ser  88.71 
 
 
93 bp  67.9  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.626616  normal  0.0403391 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0021  tRNA-Ser  88.71 
 
 
93 bp  67.9  0.0000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.690365 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0039  tRNA-Ser  87.01 
 
 
92 bp  65.9  0.000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000174136  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna105  tRNA-Ser  93.75 
 
 
92 bp  63.9  0.000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000135439  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna107  tRNA-Ser  93.75 
 
 
92 bp  63.9  0.000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000883231  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03505  tRNA-Ser  93.75 
 
 
89 bp  63.9  0.000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03508  tRNA-Ser  93.75 
 
 
89 bp  63.9  0.000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0075  tRNA-Ser  85.06 
 
 
93 bp  61.9  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0046  tRNA-Ser  93.02 
 
 
94 bp  61.9  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.506638  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0056  tRNA-Ser  88.89 
 
 
94 bp  61.9  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.124378  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t084  tRNA-Ser  100 
 
 
92 bp  60  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t090  tRNA-Ser  100 
 
 
92 bp  60  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0081  tRNA-Ser  87.67 
 
 
90 bp  60  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000993348  decreased coverage  0.0000000440433 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 
92 bp  60  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191859  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0047  tRNA-Ser  100 
 
 
92 bp  60  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 
92 bp  60  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000174054  normal  0.534316 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 
92 bp  60  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000325542  normal  0.525194 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>