290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_R0044 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.134546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0039  tRNA-Ser  98.89 
 
 		 90 bp  170  4e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151181 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6023  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 90 bp  163  9e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0009  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 90 bp  147  5e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.509163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4302  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 90 bp  147  5e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0357702  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0008  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.201006 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0010  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0066  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 93 bp  91.7  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00121253  normal  0.381565 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0011  tRNA-Ser  97.96 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0060178  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0448  tRNA-Ser  97.92 
 
 		 91 bp  87.7  4e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.359663  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4314  tRNA-Ser  90.28 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.650713  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0034  tRNA-Ser  90.28 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0025  tRNA-Ser  90.28 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0027  tRNA-Ser  88.3 
 
 		 94 bp  87.7  4e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.614719  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0051  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.573916  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t07  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 88 bp  85.7  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506644  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  90.14 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  90.14 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0017  tRNA-Ser  90.14 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00284743  normal  0.30406 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0015  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0010  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.600875  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0010  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.710813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0633  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 93 bp  85.7  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.248026  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4560  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0913747  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0033  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.172474  normal  0.681526 
 
 
-
 
NC_003295  RS04528  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  79.8  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0104134  normal  0.589043 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0025  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  79.8  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0017  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576804  normal  0.691356 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0014  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  79.8  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000010946  hitchhiker  0.00318065 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0013  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  79.8  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0131326  normal  0.0455197 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0016  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  79.8  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.59957 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.710531 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0021  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.753643 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0044  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000325542  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t084  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t090  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0038  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000174054  normal  0.534316 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0111  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000122567  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0120  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000721492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0026  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000318313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0105  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000566393  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0090  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00126509  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000164961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4609  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000880643  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0058  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.645587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0114  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000117562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0096  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000162455  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0031  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000309112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0042  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000792728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0048  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000959117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0043  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000142522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0049  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000282544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52560  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00373165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0102  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000140281  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000137453  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0047  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t025  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000628867  hitchhiker  0.000000193085 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t018  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000138338  hitchhiker  0.0000000303397 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t68  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.613461  normal  0.197969 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0117  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 93 bp  71.9  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000725148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0059  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.233723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3162  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.635575  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1426  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0114539  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0009  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00103518  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2675  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0051  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0325227  normal  0.449297 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0067  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198347  normal  0.511867 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0063  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0394171  normal  0.40754 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1946  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0041  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0195063  normal  0.685776 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2590  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0029  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0112304  hitchhiker  0.00398859 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0046  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000960989  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2153  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0059  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00785385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0091  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0220813  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0082  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0027  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.113277  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0059  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.102937  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2538  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.536937  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0057  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.701853  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>