158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_R0003 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  182  1e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0023  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.290353  normal  0.259608 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0032  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00891342 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0010  tRNA-Ser  88.73 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0597346  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0018  tRNA-Ser  88.73 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.648957  normal  0.166576 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer02  tRNA-Ser  87.32 
 
 		 92 bp  69.9  0.0000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.111902 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0317  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0657  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.96086  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0046  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 94 bp  56  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.506638  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0053  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0350418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0027  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000000768741  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154466  normal  0.0269773 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0005  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0203622  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer02  tRNA-Ser  100 
 
 		 97 bp  54  0.000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0037  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0056  tRNA-Ser  85.92 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0268608  normal  0.036349 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.250098  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.510614  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0046  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0032  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0075389 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0054  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000379646  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0897  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 95 bp  50.1  0.00009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000417881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0011  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0007  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.12584  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4271  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 95 bp  50.1  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  9.700030000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0056  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00413677  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0002  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000899468  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0009  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000326555  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t15  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2302  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0031267  hitchhiker  2.33425e-18 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0203  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.829329  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0048  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0798542  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0047  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0053  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.163245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0031  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.981637  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0063  tRNA-Ser  88.46 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.80963  normal  0.240218 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0036  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0038  tRNA-Ser  88.46 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.125413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0092  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.2204  hitchhiker  0.0044365 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0060  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000793536  hitchhiker  0.00142352 
 
 
-
 
NC_002950  PGt09  tRNA-Ser  84.85 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.177778 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0026  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.548362  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0041  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0015  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.323881 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0023  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1096  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0020  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716898  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0086  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0257958  normal  0.0951833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0086  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0207844  normal  0.661089 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0002  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00386906  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0083  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0290175  normal  0.180812 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0058  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.325073  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0886  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000841076  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0040  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.469236  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0043  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027845  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0044  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0279967  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0048  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0078  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000727042  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0004  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327404  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0049  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000614407  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4234  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0993  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000644963  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0059  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00759198  normal  0.147375 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>