295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_R0007 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  186  6e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.12584  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 94 bp  139  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 94 bp  123  8e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0002  tRNA-Ser  90.43 
 
 		 93 bp  107  5e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000353165 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0004  tRNA-Ser  90.43 
 
 		 93 bp  107  5e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327404  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  90.43 
 
 		 93 bp  107  5e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  90.43 
 
 		 93 bp  107  5e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0046  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 94 bp  107  5e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.506638  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0002  tRNA-Ser  90.43 
 
 		 93 bp  107  5e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0058  tRNA-Ser  90.43 
 
 		 93 bp  107  5e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.325073  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0068  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 96 bp  99.6  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0002  tRNA-Ser  88.3 
 
 		 94 bp  99.6  1e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00386906  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0002  tRNA-Ser  88.42 
 
 		 95 bp  93.7  7e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0005  tRNA-Ser  88.42 
 
 		 95 bp  93.7  7e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0043  tRNA-Ser  88.3 
 
 		 93 bp  91.7  3e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.569209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0008  tRNA-Ser  89.69 
 
 		 96 bp  91.7  3e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000013912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0100  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 96 bp  89.7  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.170842  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0014  tRNA-Ser  89.89 
 
 		 96 bp  89.7  1e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000019033  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0022  tRNA-Ser  88.42 
 
 		 94 bp  85.7  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.155688  normal  0.486263 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  87.37 
 
 		 95 bp  85.7  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna105  tRNA-Ser  89.61 
 
 		 92 bp  81.8  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000135439  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0897  tRNA-Ser  88.31 
 
 		 95 bp  81.8  0.00000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000417881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0054  tRNA-Ser  88.31 
 
 		 93 bp  81.8  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000379646  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4271  tRNA-Ser  88.31 
 
 		 95 bp  81.8  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  9.700030000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0004  tRNA-Ser  86.32 
 
 		 95 bp  77.8  0.0000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000366814 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03508  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0075  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna107  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000883231  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03505  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0078  tRNA-Ser  87.01 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000727042  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0025  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0018  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.814887  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0076  tRNA-Ser  87.88 
 
 		 93 bp  67.9  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000654825  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0015  tRNA-Ser  86.46 
 
 		 93 bp  67.9  0.0000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0039  tRNA-Ser  89.39 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000174136  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0002  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 93 bp  67.9  0.0000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000899468  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0072  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00236568  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0025  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00144133  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0058  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0021  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.724963  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0057  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0657  tRNA-Ser  91.84 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.96086  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0058  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0027  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0038  tRNA-Ser  95 
 
 		 95 bp  63.9  0.000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000026023  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  86.32 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0015  tRNA-Ser  86.32 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0656  tRNA-Ser  86.32 
 
 		 95 bp  61.9  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0886  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 94 bp  60  0.0000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000841076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0020  tRNA-Ser  84.04 
 
 		 93 bp  60  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716898  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0203  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 93 bp  60  0.0000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.829329  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0993  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000644963  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 96 bp  60  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna9  tRNA-Ser  84.42 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.475347  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0066  tRNA-Ser  84.93 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00121253  normal  0.381565 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0026  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.548362  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0014  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.489158 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0003  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 96 bp  58  0.0000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000368524  hitchhiker  0.00000112362 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0008  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.1071  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0047  tRNA-Ser  84.42 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00947013  normal  0.245138 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0081  tRNA-Ser  84.04 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000993348  decreased coverage  0.0000000440433 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 92 bp  56  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0041  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0010  tRNA-Ser  85.37 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0011  tRNA-Ser  84.38 
 
 		 96 bp  56  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000117466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0040  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1096  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0041  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.592847  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0009  tRNA-Ser  95 
 
 		 89 bp  56  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0496471  hitchhiker  0.00256028 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t24  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.313703  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA56  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00168094  normal  0.483596 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>