295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_R0066 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_R0066  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  2.0000000000000003e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00121253  normal  0.381565 
 
 
-
 
NC_003295  RS04528  tRNA-Ser  96.81 
 
 		 94 bp  155  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0104134  normal  0.589043 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0027  tRNA-Ser  96.81 
 
 		 94 bp  155  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.614719  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0013  tRNA-Ser  96.81 
 
 		 94 bp  155  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0131326  normal  0.0455197 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0014  tRNA-Ser  96.81 
 
 		 94 bp  155  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000010946  hitchhiker  0.00318065 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0016  tRNA-Ser  96.81 
 
 		 94 bp  155  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.59957 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0059  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 94 bp  147  5e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.233723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0051  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 94 bp  147  5e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0325227  normal  0.449297 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 94 bp  147  5e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0114539  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0009  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 94 bp  147  5e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00103518  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2675  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 94 bp  147  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1946  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 94 bp  147  5e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3162  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 94 bp  147  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.635575  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2590  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 94 bp  147  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2153  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 94 bp  147  5e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2538  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 94 bp  147  5e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.536937  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0046  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 94 bp  147  5e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000960989  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1426  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 94 bp  147  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0091  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 94 bp  147  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0220813  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0029  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 94 bp  147  5e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0112304  hitchhiker  0.00398859 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0059  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 94 bp  147  5e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.102937  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0059  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 94 bp  147  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00785385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0057  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 94 bp  147  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.701853  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0027  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 94 bp  147  5e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.113277  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0067  tRNA-Ser  95.6 
 
 		 91 bp  141  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198347  normal  0.511867 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0025  tRNA-Ser  92.55 
 
 		 94 bp  123  8e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0021  tRNA-Ser  90.8 
 
 		 93 bp  109  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.724963  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0027  tRNA-Ser  90.8 
 
 		 93 bp  109  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0072  tRNA-Ser  90.8 
 
 		 93 bp  109  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00236568  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0025  tRNA-Ser  90.8 
 
 		 93 bp  109  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00144133  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 93 bp  107  5e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0008  tRNA-Ser  90.32 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.201006 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0075  tRNA-Ser  88.17 
 
 		 93 bp  97.6  4e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 94 bp  93.7  7e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4271  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 95 bp  93.7  7e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  9.700030000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0054  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 93 bp  93.7  7e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000379646  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0897  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 95 bp  93.7  7e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000417881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0039  tRNA-Ser  88.17 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151181 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0022  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 94 bp  93.7  7e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.155688  normal  0.486263 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4302  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0357702  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0009  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.509163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0044  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.134546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0056  tRNA-Ser  88.3 
 
 		 94 bp  91.7  3e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.124378  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00050  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 93 bp  83.8  0.000000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000206027  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0020  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 93 bp  83.8  0.000000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.35698e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2976  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 95 bp  83.8  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000227205  decreased coverage  0.0000509713 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4692  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 95 bp  83.8  0.000000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.17965e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0074  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 93 bp  83.8  0.000000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000641426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0024  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 93 bp  83.8  0.000000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000116075  hitchhiker  0.00382686 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3027  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 95 bp  83.8  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000838388  decreased coverage  0.00000641147 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0886  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 94 bp  83.8  0.000000000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000841076  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0993  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 92 bp  83.8  0.000000000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000644963  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2817  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 95 bp  83.8  0.000000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000020425  hitchhiker  0.000210656 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3291  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 95 bp  83.8  0.000000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.24422e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3011  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 95 bp  83.8  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00423056  hitchhiker  0.0000219403 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3134  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 95 bp  83.8  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000254951  hitchhiker  0.00502595 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5063  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 93 bp  83.8  0.000000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000188963  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2944  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 95 bp  83.8  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000934837  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3941  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 95 bp  83.8  0.000000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000307752  normal  0.728872 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0031  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 93 bp  83.8  0.000000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000107168  unclonable  0.00000000962394 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0021  tRNA-Ser  88.17 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.753643 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6023  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer02  tRNA-Ser  90.32 
 
 		 97 bp  75.8  0.000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0043  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.710531 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3130t  tRNA-Ser  87.01 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3128t  tRNA-Ser  87.01 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0022  tRNA-Ser  95.83 
 
 		 95 bp  71.9  0.00000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0032  tRNA-Ser  95.83 
 
 		 95 bp  71.9  0.00000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0015  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0010  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0656  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 95 bp  69.9  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0015  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0018  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0238889  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0090  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00126509  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000880643  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000164961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0102  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000140281  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000137453  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0203  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.829329  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0096  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000162455  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0114  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000117562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0120  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000721492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0105  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000566393  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0111  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000122567  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t025  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000628867  hitchhiker  0.000000193085 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t018  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000138338  hitchhiker  0.0000000303397 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>