86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_R0018 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  186  6e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.814887  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0005  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 95 bp  111  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 94 bp  85.7  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0078  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 93 bp  83.8  0.000000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000727042  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0076  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000654825  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 95 bp  75.8  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0075  tRNA-Ser  87.01 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0007  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.12584  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0014  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 96 bp  69.9  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000019033  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0897  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 95 bp  67.9  0.0000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000417881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0054  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 93 bp  67.9  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000379646  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4271  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 95 bp  67.9  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  9.700030000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0043  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.569209  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 94 bp  60  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna105  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000135439  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27540  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00531398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0033  tRNA-Ser  85.29 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0029  tRNA-Ser  85.29 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.373926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0004  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327404  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0038  tRNA-Ser  85.29 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0662946  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0030  tRNA-Ser  85.29 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0060  tRNA-Ser  85.29 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0021  tRNA-Ser  85.29 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.690365 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0043  tRNA-Ser  85.29 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.626616  normal  0.0403391 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0006  tRNA-Ser  85.29 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.214474  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0058  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.325073  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0046  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 94 bp  56  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.506638  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0030  tRNA-Ser  85.29 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.924636  hitchhiker  0.0000671123 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12720  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.376956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0048  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214676 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0002  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00386906  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna125  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.714037  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna107  tRNA-Ser  84.04 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000883231  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0073  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000286061  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0072  tRNA-Ser  82.98 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00236568  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0025  tRNA-Ser  82.98 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00144133  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1356  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00596474  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0008  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0064  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.019452  normal  0.0125839 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0027  tRNA-Ser  82.98 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0021  tRNA-Ser  82.98 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.724963  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t084  tRNA-Ser  88.68 
 
 		 88 bp  50.1  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0175155  normal  0.0606382 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0008  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 96 bp  50.1  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000013912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0002  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 95 bp  50.1  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 89 bp  50.1  0.0001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0059  tRNA-Ser  88.68 
 
 		 88 bp  50.1  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00759198  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0049  tRNA-Ser  88.68 
 
 		 88 bp  50.1  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000614407  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0040  tRNA-Ser  88.68 
 
 		 88 bp  50.1  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.469236  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0048  tRNA-Ser  88.68 
 
 		 88 bp  50.1  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0029  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 89 bp  50.1  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000379468  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R29  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.274063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0029  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 89 bp  50.1  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000406905  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0002  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000899468  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0068  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 96 bp  48.1  0.0004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0018  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0208522  hitchhiker  0.00000010286 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0056  tRNA-Ser  82.14 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0064  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000000759704  normal  0.0478316 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0100  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 96 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.170842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03508  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0203  tRNA-Ser  82.42 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.829329  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03505  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  84.04 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  84.04 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01622  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  84.04 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  84.04 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_R0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.363749  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0017  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ser-6  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  44.1  0.006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000600892  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0015  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  44.1  0.006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00887784  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ser-7  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  44.1  0.006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000630306  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5672  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000146838  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000655937  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0238116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0063  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0031  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.183154  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0525  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.48136e-28 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4776  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000022881  hitchhiker  0.0000000000000230511 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0073  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5707  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000958315  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0601  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000039109  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0078  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000549409  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>