100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_R0015 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_R0017  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  182  1e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  182  1e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0031  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 92 bp  167  5.9999999999999996e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.183154  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0073  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  151  3e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0063  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  151  3e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  90.32 
 
 		 93 bp  105  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  90.22 
 
 		 91 bp  103  7e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27990  tRNA-Ser  96.08 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5707  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 94 bp  75.8  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000958315  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4776  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 94 bp  75.8  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000022881  hitchhiker  0.0000000000000230511 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0601  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 94 bp  75.8  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000039109  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0525  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 94 bp  75.8  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.48136e-28 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000655937  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11590  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0238741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0078  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000549409  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ser-7  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 95 bp  75.8  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000630306  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 95 bp  75.8  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00887784  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ser-6  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 95 bp  75.8  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000600892  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5672  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000146838  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0075  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681834  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0003  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0650354 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  85.87 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0009  tRNA-Ser  85.87 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000326555  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  85.87 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  85.87 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  85.87 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0036  tRNA-Ser  92 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.5837599999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0051  tRNA-Ser  85.87 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.352709 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0003  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000641066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0005  tRNA-Ser  88 
 
 		 94 bp  63.9  0.000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0203622  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1831  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.399609  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0167  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0023  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0056  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0053  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 93 bp  60  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0350418  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0039  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0046  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00112591  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 88 bp  60  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0116  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000561727  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  86.15 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  86.15 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0076  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  83.7 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  83.7 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0053  tRNA-Ser  90.2 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.256753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0037  tRNA-Ser  84.15 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0037  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0044  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.11052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0005  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 95 bp  50.1  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36870  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.339206  normal  0.059876 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0448  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.359663  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0075  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0042  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000190684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1044  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0066  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1916  tRNA-Ser  82.61 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0091  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000323323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer03  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.666732 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  82.61 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0011  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 94 bp  48.1  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0029  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000406905  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0029  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000379468  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0027  tRNA-Ser  82.61 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.796709  normal  0.0348643 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0055  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0814069  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0022  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.587921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0051  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.267767  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0054  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.144676  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0055  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.223526  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3166t  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.197881  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0024  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.107228  normal  0.17939 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0058  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000154227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  93.33 
 
 		 126 bp  44.1  0.006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0001  tRNA-Ser  88 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0036  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0031  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.981637  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0018  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.814887  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0063  tRNA-Ser  88 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.6315500000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0004  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>