297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SaurJH1_R0029 on replicon NC_009632
Organism: Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009632  SaurJH1_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  176  6e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000406905  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  176  6e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000379468  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  98.88 
 
 		 89 bp  168  1e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0060  tRNA-Ser  88.76 
 
 		 88 bp  89.7  1e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.472015 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0007  tRNA-Ser  89.87 
 
 		 88 bp  85.7  0.000000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0166763  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5672  tRNA-Ser  86.52 
 
 		 92 bp  81.8  0.00000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000146838  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ser-6  tRNA-Ser  86.52 
 
 		 95 bp  81.8  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000600892  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  86.52 
 
 		 95 bp  81.8  0.00000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00887784  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ser-7  tRNA-Ser  86.52 
 
 		 95 bp  81.8  0.00000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000630306  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0078  tRNA-Ser  86.52 
 
 		 92 bp  81.8  0.00000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000549409  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0003  tRNA-Ser  87.64 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000641066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0525  tRNA-Ser  86.52 
 
 		 94 bp  81.8  0.00000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.48136e-28 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  86.52 
 
 		 92 bp  81.8  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000655937  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0601  tRNA-Ser  86.52 
 
 		 94 bp  81.8  0.00000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000039109  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4776  tRNA-Ser  86.52 
 
 		 94 bp  81.8  0.00000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000022881  hitchhiker  0.0000000000000230511 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5707  tRNA-Ser  86.52 
 
 		 94 bp  81.8  0.00000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000958315  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07713  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0287  tRNA-Ser  90.28 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000949487  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0075  tRNA-Ser  85.39 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681834  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0017  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00284743  normal  0.30406 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4314  tRNA-Ser  90.16 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.650713  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  88.41 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0025  tRNA-Ser  90.16 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  86.3 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0034  tRNA-Ser  90.16 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  88.41 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t038  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1356  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00596474  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna125  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.714037  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0064  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.019452  normal  0.0125839 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01622  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t084  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0175155  normal  0.0606382 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0018  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0208522  hitchhiker  0.00000010286 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0086  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0257958  normal  0.0951833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0086  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0207844  normal  0.661089 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0048  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0083  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0290175  normal  0.180812 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0049  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000614407  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0064  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000000759704  normal  0.0478316 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0040  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.469236  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0059  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00759198  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3166t  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.197881  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt17  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  87.84 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0001  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  87.84 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  87.84 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  87.84 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0116  tRNA-Ser  84.27 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000561727  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4233  tRNA-Ser  87.69 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0024  tRNA-Ser  86.89 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0023  tRNA-Ser  87.69 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0025  tRNA-Ser  86.89 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112044  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0022  tRNA-Ser  87.69 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.058085  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4234  tRNA-Ser  87.69 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  84.93 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2453  tRNA-Ser  87.69 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00022  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.183053  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00024  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0051  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000257936  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0053  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000297179  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2057  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.411321  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t30  tRNA-Ser  95 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0040  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.851223  normal  0.588712 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4662  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0024856  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1045  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00618881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2240  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.247872 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0022  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2101  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.995337 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  85.29 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1410  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.183111 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0983  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.55277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1229  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5027  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1049  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0942593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1064  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1015  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0017  tRNA-Ser  88.46 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0055  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0317124  normal  0.494486 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2238  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0017  tRNA-Ser  88.33 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576804  normal  0.691356 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2776  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00819778  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0073  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000286061  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0955  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.220816  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  88.33 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0082  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.338045  normal  0.030593 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0044  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0279967  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  88.33 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  88.33 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0043  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027845  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0026  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1244  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.423353 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1199  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.754865 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5025  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000128113  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4664  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.016683  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0066  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.355843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0064  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.138222 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0033  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0034  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.355586  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0059  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00206074  hitchhiker  0.00144451 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>