147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PGt17 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PGt17  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07713  tRNA-Ser  88.31 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  89.61 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0032  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0033  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0034  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.355586  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna37  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0008  tRNA-Ser  88.31 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0017  tRNA-Ser  88.31 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0015  tRNA-Ser  88.31 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0008  tRNA-Ser  88.31 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0016  tRNA-Ser  88.31 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266045  normal  0.745909 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 91 bp  69.9  0.00000000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 91 bp  69.9  0.00000000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0008  tRNA-Ser  89.39 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0017  tRNA-Ser  90.38 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  84.09 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  85.53 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  88.06 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  88.06 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0287  tRNA-Ser  86.57 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000949487  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  88.06 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0029  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000379468  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0029  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000406905  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0033  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0060  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0007  tRNA-Ser  84.42 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0166763  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0012  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.331277  normal  0.288607 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  82.95 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  84.09 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4234  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2453  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0023  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  84.09 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  84.09 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  86.57 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0024  tRNA-Ser  85.07 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0025  tRNA-Ser  85.07 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112044  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0011  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0060178  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0046  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0042  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121503  normal  0.0171671 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  86.57 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  86.57 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0060  tRNA-Ser  85.07 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.472015 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  86.57 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0041  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.592847  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  85.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 97 bp  52  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000328562  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0212707  normal  0.0426305 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4233  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0022  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.058085  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  83.12 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  83.12 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0001  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  85.48 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  85.48 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0051  tRNA-Ser  86.54 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1941  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2014  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0295784  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0053  tRNA-Ser  86.54 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000556956  hitchhiker  0.00693696 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0785  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1078  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381421  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0631  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.985518  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0533  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2051  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0012  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0470905  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0075  tRNA-Ser  86.54 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000781608  hitchhiker  0.00063206 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0060  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000793536  hitchhiker  0.00142352 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00024  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t30  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4314  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.650713  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer01  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0568907  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1049  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0942593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0034  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0064  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.019452  normal  0.0125839 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0025  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0043  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027845  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0044  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0279967  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1356  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00596474  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0037  tRNA-Ser  83.58 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675311 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0082  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.338045  normal  0.030593 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1244  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.423353 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2101  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.995337 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2238  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0022  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2774  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.12292  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>