297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_R0024 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112044  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0037  tRNA-Ser  97.8 
 
 		 91 bp  165  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675311 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0017  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  125  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07713  tRNA-Ser  95.95 
 
 		 88 bp  123  8e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 91 bp  109  1e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0010  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  107  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.710813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0010  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  107  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.600875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0075  tRNA-Ser  92 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000781608  hitchhiker  0.00063206 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0287  tRNA-Ser  92.65 
 
 		 88 bp  95.6  2e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000949487  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0046  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  89.29 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  89.29 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 91 bp  87.7  4e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0043  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 91 bp  87.7  4e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.710531 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 91 bp  87.7  4e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4314  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.650713  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0060  tRNA-Ser  90.67 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0025  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0034  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0007  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0166763  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0060  tRNA-Ser  89.86 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.472015 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0051  tRNA-Ser  94.23 
 
 		 91 bp  79.8  0.0000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0053  tRNA-Ser  94.23 
 
 		 91 bp  79.8  0.0000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000556956  hitchhiker  0.00693696 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0633  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.248026  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 92 bp  77.8  0.0000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4609  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0033  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.172474  normal  0.681526 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t07  tRNA-Ser  87.18 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506644  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t68  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.613461  normal  0.197969 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  86.42 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  86.42 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0041  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0195063  normal  0.685776 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0063  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0394171  normal  0.40754 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0082  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  88.31 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0897  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 95 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000417881  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  88.16 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52560  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00373165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4271  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 95 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  9.700030000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0054  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 93 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000379646  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 94 bp  69.9  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0016  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266045  normal  0.745909 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0008  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0058  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.645587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0017  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0015  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0033  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0051  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.573916  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0008  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0004  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198819  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  88.52 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  85.19 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0017  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576804  normal  0.691356 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0021  tRNA-Ser  85.19 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.753643 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  85.19 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  85.19 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0034  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0064  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000000759704  normal  0.0478316 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0014  tRNA-Ser  85.39 
 
 		 96 bp  63.9  0.000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000019033  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0048  tRNA-Ser  89.83 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0051  tRNA-Ser  89.83 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.656743  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t24  tRNA-Ser  85.92 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.313703  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0022  tRNA-Ser  87.32 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.058085  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA56  tRNA-Ser  85.92 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00168094  normal  0.483596 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R71  tRNA-Ser  85.92 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000974283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0010  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0057  tRNA-Ser  89.83 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.159641  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0043  tRNA-Ser  89.83 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00175988  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0017  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00284743  normal  0.30406 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4233  tRNA-Ser  87.32 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0055  tRNA-Ser  85.37 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4596  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0004  tRNA-Ser  86.05 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327404  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  86.05 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  86.05 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>