296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_R0035 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  176  6e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  98.89 
 
 		 90 bp  163  9e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0049  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430745  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0049  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0044  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  93.41 
 
 		 91 bp  127  5e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  123  7e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0050  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0567726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  92.13 
 
 		 88 bp  113  7.000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0026  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  111  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0026  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  111  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0060  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  111  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0238234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0009  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  111  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0314444  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  111  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0025  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  111  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0039  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0837952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0034  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 88 bp  105  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0467968  normal  0.352818 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  91.01 
 
 		 88 bp  105  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  91.01 
 
 		 88 bp  105  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0009  tRNA-Ser  91.01 
 
 		 88 bp  105  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56396 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  91.01 
 
 		 88 bp  105  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0037  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.244587  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0008  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.682729 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0046  tRNA-Ser  92.75 
 
 		 92 bp  89.7  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0008    87.78 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0798492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0002  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0003  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0003  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0016  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0009  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.4364  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0030  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0001  tRNA-Ser  87.64 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0038  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0003  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.642958  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0071  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.612949  normal  0.325522 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA5  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0419374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0001  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.981732 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0052  tRNA-Ser  86.52 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.360325 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0045  tRNA-Ser  89.86 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0040  tRNA-Ser  86.52 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna38  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0038  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0038  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0016  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25212  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0031  tRNA-Ser  88.41 
 
 		 95 bp  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0583145  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0032  tRNA-Ser  88.41 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0576643  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0033  tRNA-Ser  88.41 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000268817  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0075  tRNA-Ser  87.01 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  63.9  0.000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0058  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0036  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.981637  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0011  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t15  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0054  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.104175 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4577  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  100 
 
 		 126 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t17  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0063  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.6315500000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.107228  normal  0.17939 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  58  0.0000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178185  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>