298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene tRNA-Ser-4 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  96.59 
 
 		 88 bp  151  3e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 88 bp  127  5e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0051  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 88 bp  111  3e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.352709 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  95.6  2e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0053  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 93 bp  95.6  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0350418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0005  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  83.8  0.000000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0203622  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0015  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 92 bp  83.8  0.000000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0017  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 92 bp  83.8  0.000000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0003  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 92 bp  83.8  0.000000000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0650354 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0063  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 92 bp  83.8  0.000000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0036  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.5837599999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t038  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0003  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000641066  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0046  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 92 bp  81.8  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00112591  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0083  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0290175  normal  0.180812 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0086  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0257958  normal  0.0951833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0086  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0207844  normal  0.661089 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.250098  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.510614  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0009  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  79.8  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000326555  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0031  tRNA-Ser  96 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.183154  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27990  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0059  tRNA-Ser  86.42 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00759198  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0044  tRNA-Ser  86.42 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0279967  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0048  tRNA-Ser  86.42 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0040  tRNA-Ser  86.42 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.469236  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0043  tRNA-Ser  86.42 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027845  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0116  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000561727  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0049  tRNA-Ser  86.42 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000614407  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0039  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0037  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0076  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0075  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t084  tRNA-Ser  86.25 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0175155  normal  0.0606382 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0048  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0798542  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0047  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3166t  tRNA-Ser  87.88 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.197881  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5672  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000146838  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5707  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000958315  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ser-6  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 95 bp  67.9  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000600892  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 95 bp  67.9  0.0000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00887784  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ser-7  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 95 bp  67.9  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000630306  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0078  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000549409  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0601  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000039109  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000655937  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0525  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.48136e-28 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4776  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000022881  hitchhiker  0.0000000000000230511 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11590  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0238741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0075  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681834  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0051  tRNA-Ser  91.84 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.267767  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0037  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0064  tRNA-Ser  85.19 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000000759704  normal  0.0478316 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  65.9  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.506638  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    84.44 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.290353  normal  0.259608 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000899468  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00413677  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2302  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0031267  hitchhiker  2.33425e-18 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0073  tRNA-Ser  92 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0058  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.325073  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0004  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327404  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0023  tRNA-Ser  84.52 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.137885 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0053  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.163245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00024  tRNA-Ser  83.95 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0053  tRNA-Ser  83.95 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000297179  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.548362  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5027  tRNA-Ser  83.95 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5025  tRNA-Ser  83.95 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000128113  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4664  tRNA-Ser  83.95 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.016683  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0657  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.96086  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0064  tRNA-Ser  83.95 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.019452  normal  0.0125839 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4662  tRNA-Ser  83.95 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0024856  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0066  tRNA-Ser  83.95 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.355843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0993  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000644963  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>