243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE_tRNA-Ser-1 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.510614  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0005  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0203622  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0046  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00112591  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.290353  normal  0.259608 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.250098  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.506638  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0053  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0350418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0039  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0116  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000561727  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0003  tRNA-Ser  85.39 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0650354 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00413677  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0050  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000005871  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000326555  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000899468  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0066  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.990986  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0051  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.267767  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0051  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.352709 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0011  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2302  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0031267  hitchhiker  2.33425e-18 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.323881 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0004  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327404  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0048  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0798542  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0047  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0053  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.163245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11590  tRNA-Ser  90.2 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0238741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0058  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.325073  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNASerVIMSS1309165  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0075389 
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.426198 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.087026  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.548362  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0886  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000841076  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0656  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0058  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000154227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.146581  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000366814 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0657  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.96086  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.416329 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716898  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0011  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNASerVIMSS1309205  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.98258  normal  0.324955 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0993  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000644963  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0024  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.107228  normal  0.17939 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00386906  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNASerVIMSS1309122  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0045  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNASerVIMSS1309106  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309091  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>