296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene tRNA-Ser-2 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  186  6e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0004  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 93 bp  147  5e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327404  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 93 bp  147  5e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 93 bp  147  5e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0058  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 93 bp  147  5e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.325073  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0007  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 94 bp  123  8e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.12584  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0002  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 93 bp  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0002  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 93 bp  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000353165 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0002  tRNA-Ser  90.53 
 
 		 95 bp  109  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  90.43 
 
 		 93 bp  107  5e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 94 bp  107  5e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0002  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 94 bp  107  5e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00386906  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0014  tRNA-Ser  89.58 
 
 		 96 bp  105  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000019033  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0003  tRNA-Ser  89.58 
 
 		 96 bp  105  2e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000368524  hitchhiker  0.00000112362 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 95 bp  101  3e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 93 bp  99.6  1e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0046  tRNA-Ser  88.3 
 
 		 94 bp  99.6  1e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.506638  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0075  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 93 bp  99.6  1e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0002  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 93 bp  99.6  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000899468  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0897  tRNA-Ser  91.78 
 
 		 95 bp  97.6  5e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000417881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0054  tRNA-Ser  91.78 
 
 		 93 bp  97.6  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000379646  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4271  tRNA-Ser  91.78 
 
 		 95 bp  97.6  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  9.700030000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0100  tRNA-Ser  88.54 
 
 		 96 bp  97.6  5e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.170842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0066  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 93 bp  93.7  7e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00121253  normal  0.381565 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0005  tRNA-Ser  88.42 
 
 		 95 bp  93.7  7e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0068  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 96 bp  91.7  3e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0022  tRNA-Ser  88.42 
 
 		 94 bp  85.7  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.155688  normal  0.486263 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0037  tRNA-Ser  90.8 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675311 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0993  tRNA-Ser  88.3 
 
 		 92 bp  83.8  0.000000000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000644963  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0008  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 93 bp  83.8  0.000000000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.183333  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0008  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 93 bp  83.8  0.000000000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0886  tRNA-Ser  88.3 
 
 		 94 bp  83.8  0.000000000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000841076  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0072  tRNA-Ser  89.04 
 
 		 93 bp  81.8  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00236568  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0047  tRNA-Ser  89.04 
 
 		 93 bp  81.8  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00947013  normal  0.245138 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0027  tRNA-Ser  89.04 
 
 		 93 bp  81.8  0.00000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0025  tRNA-Ser  89.04 
 
 		 93 bp  81.8  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00144133  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna9  tRNA-Ser  89.04 
 
 		 93 bp  81.8  0.00000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.475347  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0021  tRNA-Ser  89.04 
 
 		 93 bp  81.8  0.00000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.724963  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0013  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 94 bp  79.8  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0131326  normal  0.0455197 
 
 
-
 
NC_003295  RS04528  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 94 bp  79.8  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0104134  normal  0.589043 
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0016  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 94 bp  79.8  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.59957 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0014  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 94 bp  79.8  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000010946  hitchhiker  0.00318065 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0008  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 96 bp  79.8  0.0000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000013912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0004  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198819  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  88.3 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  88.3 
 
 		 92 bp  77.8  0.0000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  88.3 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  88.3 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  88.3 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer02  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 97 bp  77.8  0.0000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  88.3 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0059  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.233723  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0114539  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0009  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00103518  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0025  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2675  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2590  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2538  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.536937  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0027  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.113277  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0010  tRNA-Ser  87.8 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0007  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 95 bp  71.9  0.00000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.025626  hitchhiker  0.00000743472 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1946  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0046  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000960989  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0091  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0220813  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0029  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0112304  hitchhiker  0.00398859 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0051  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0325227  normal  0.449297 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1426  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0059  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.102937  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0057  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.701853  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3162  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.635575  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0059  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00785385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2153  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0011  tRNA-Ser  86.46 
 
 		 96 bp  71.9  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000117466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0024  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0025  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112044  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0656  tRNA-Ser  87.37 
 
 		 95 bp  69.9  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0015  tRNA-Ser  87.37 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0043  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 93 bp  67.9  0.0000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.569209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0657  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 93 bp  67.9  0.0000000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.96086  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0203  tRNA-Ser  88.71 
 
 		 93 bp  67.9  0.0000000004  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.829329  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0043  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.710531 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.548362  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0067  tRNA-Ser  88.31 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198347  normal  0.511867 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0010  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.710813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0010  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.600875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0078  tRNA-Ser  86.3 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000727042  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0041  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1096  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0027  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 94 bp  63.9  0.000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.614719  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>