295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_R0068 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_R0068  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  190  4e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 95 bp  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0005  tRNA-Ser  93.24 
 
 		 95 bp  107  5e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0007  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 94 bp  99.6  1e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.12584  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 94 bp  91.7  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0043  tRNA-Ser  88.54 
 
 		 93 bp  89.7  1e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.569209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0075  tRNA-Ser  88.54 
 
 		 93 bp  89.7  1e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  88.54 
 
 		 94 bp  87.7  4e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0002  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 95 bp  87.7  4e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0656  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 95 bp  81.8  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0008  tRNA-Ser  87.63 
 
 		 96 bp  81.8  0.00000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000013912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0015  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 93 bp  81.8  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0025  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  88.46 
 
 		 92 bp  77.8  0.0000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4271  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 95 bp  75.8  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  9.700030000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0897  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 95 bp  75.8  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000417881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0054  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000379646  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0886  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  73.8  0.000000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000841076  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0993  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000644963  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0039  tRNA-Ser  87.34 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000174136  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0002  tRNA-Ser  86.46 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00386906  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  87.84 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0004  tRNA-Ser  87.84 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327404  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0022  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 94 bp  69.9  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.155688  normal  0.486263 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna105  tRNA-Ser  86.02 
 
 		 92 bp  69.9  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000135439  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0058  tRNA-Ser  87.84 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.325073  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  87.84 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0111  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000122567  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0102  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000140281  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000137453  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0078  tRNA-Ser  86.02 
 
 		 93 bp  67.9  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000727042  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0096  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000162455  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna9  tRNA-Ser  87.18 
 
 		 93 bp  67.9  0.0000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.475347  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000880643  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0105  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000566393  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0120  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000721492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0047  tRNA-Ser  87.18 
 
 		 93 bp  67.9  0.0000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00947013  normal  0.245138 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0090  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00126509  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0114  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000117562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t025  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000628867  hitchhiker  0.000000193085 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0015  tRNA-Ser  85.42 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t018  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000138338  hitchhiker  0.0000000303397 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 96 bp  63.9  0.000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0008  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.183333  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0008  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0100  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 96 bp  61.9  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.170842  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna107  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000883231  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0025  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 93 bp  60  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00144133  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t084  tRNA-Ser  84.38 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t090  tRNA-Ser  84.38 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0026  tRNA-Ser  84.38 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000318313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0031  tRNA-Ser  84.38 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000309112  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0072  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 93 bp  60  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00236568  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  86.49 
 
 		 93 bp  60  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26110  tRNA-Ser  87.14 
 
 		 95 bp  60  0.0000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  84.38 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000164961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  84.38 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0020  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 93 bp  60  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716898  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0076  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 93 bp  60  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000654825  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer02  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 97 bp  60  0.0000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0042  tRNA-Ser  84.38 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000792728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0048  tRNA-Ser  84.38 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000959117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0043  tRNA-Ser  84.38 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000142522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0049  tRNA-Ser  84.38 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000282544  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0027  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 93 bp  60  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  84.38 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  84.38 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0021  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 93 bp  60  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.724963  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  84.38 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0047  tRNA-Ser  84.38 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0038  tRNA-Ser  84.38 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000174054  normal  0.534316 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0044  tRNA-Ser  84.38 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000325542  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  84.38 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0038  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03505  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0008  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.1071  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000625255  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03508  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000116718  hitchhiker  6.42112e-17 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.506638  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0063  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.6315500000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  89.58 
 
 		 94 bp  56  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309375  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 87 bp  56  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.748623  hitchhiker  0.000994808 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0014  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  56  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000019033  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309260  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 87 bp  56  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>