288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_R0043 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  2.0000000000000003e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.569209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0008  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 96 bp  119  9.999999999999999e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000013912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  90.43 
 
 		 94 bp  107  5e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0002  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 95 bp  93.7  7e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0007  tRNA-Ser  88.3 
 
 		 94 bp  91.7  3e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.12584  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0068  tRNA-Ser  88.54 
 
 		 96 bp  89.7  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0011  tRNA-Ser  88.54 
 
 		 96 bp  79.8  0.0000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000117466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0002  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00386906  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0046  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 94 bp  75.8  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.506638  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0009  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0496471  hitchhiker  0.00256028 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  86.02 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0005  tRNA-Ser  86.32 
 
 		 95 bp  69.9  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0004  tRNA-Ser  86.32 
 
 		 95 bp  69.9  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000366814 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0045  tRNA-Ser  86.02 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t084  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t090  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0105  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000566393  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0120  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000721492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0026  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000318313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0031  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000309112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0096  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000162455  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0111  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000122567  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0114  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000117562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0042  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000792728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0048  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000959117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0043  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000142522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0049  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000282544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0090  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00126509  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0047  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0038  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000174054  normal  0.534316 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0044  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000325542  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0102  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000140281  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000137453  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000880643  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0038  tRNA-Ser  95 
 
 		 95 bp  63.9  0.000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000026023  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0018  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 94 bp  63.9  0.000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.814887  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0039  tRNA-Ser  85.53 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000174136  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t025  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000628867  hitchhiker  0.000000193085 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0014  tRNA-Ser  95 
 
 		 96 bp  63.9  0.000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000019033  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t018  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000138338  hitchhiker  0.0000000303397 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0100  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 96 bp  63.9  0.000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.170842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 95 bp  63.9  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0004  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327404  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0058  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.325073  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0064  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna105  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000135439  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0002  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 93 bp  60  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000899468  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000625255  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  83.87 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000164961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  83.87 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  83.87 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  83.87 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0117  tRNA-Ser  91.84 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000725148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0063  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.6315500000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0020  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716898  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000116718  hitchhiker  6.42112e-17 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0078  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000727042  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0004  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0018  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0208522  hitchhiker  0.00000010286 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4609  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0058  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.645587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52560  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00373165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0038  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0004  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198819  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0008  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t17  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.417129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0056  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.133866  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0010  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000388656  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0018  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0238889  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna107  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000883231  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 96 bp  52  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0075  tRNA-Ser  84.04 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0033  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.985807  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0055  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0060  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.948635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>