295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_R0025 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  186  6e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS04528  tRNA-Ser  92.55 
 
 		 94 bp  131  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0104134  normal  0.589043 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0016  tRNA-Ser  92.55 
 
 		 94 bp  131  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.59957 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0013  tRNA-Ser  92.55 
 
 		 94 bp  131  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0131326  normal  0.0455197 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0014  tRNA-Ser  92.55 
 
 		 94 bp  131  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000010946  hitchhiker  0.00318065 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0022  tRNA-Ser  93.1 
 
 		 94 bp  125  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.155688  normal  0.486263 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 94 bp  123  8e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0114539  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0066  tRNA-Ser  92.55 
 
 		 93 bp  123  8e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00121253  normal  0.381565 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0009  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 94 bp  123  8e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00103518  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2590  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 94 bp  123  8e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2675  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 94 bp  123  8e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0059  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 94 bp  123  8e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.233723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1946  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 94 bp  123  8e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3162  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 94 bp  123  8e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.635575  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2153  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 94 bp  123  8e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0059  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 94 bp  123  8e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00785385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0027  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 94 bp  123  8e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.113277  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0027  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 94 bp  123  8e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.614719  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0046  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 94 bp  123  8e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000960989  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2538  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 94 bp  123  8e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.536937  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0051  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 94 bp  123  8e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0325227  normal  0.449297 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1426  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 94 bp  123  8e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0091  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 94 bp  123  8e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0220813  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0029  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 94 bp  123  8e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0112304  hitchhiker  0.00398859 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0059  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 94 bp  123  8e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.102937  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0057  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 94 bp  123  8e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.701853  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0067  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198347  normal  0.511867 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0039  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151181 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0054  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 93 bp  79.8  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000379646  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4302  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0357702  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4271  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 95 bp  79.8  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  9.700030000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0897  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 95 bp  79.8  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000417881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0009  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.509163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0044  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.134546  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0068  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 96 bp  77.8  0.0000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0005  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 95 bp  77.8  0.0000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0075  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0056  tRNA-Ser  87.84 
 
 		 94 bp  75.8  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.124378  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna105  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000135439  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna107  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000883231  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0076  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 93 bp  71.9  0.00000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000654825  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0078  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 93 bp  71.9  0.00000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000727042  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0008  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.201006 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0007  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.12584  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 92 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000137453  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0021  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.753643 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0111  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 92 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000122567  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0105  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 92 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000566393  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 92 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0114  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 92 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000117562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0090  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 92 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00126509  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0102  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 92 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000140281  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0120  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 92 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000721492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03505  tRNA-Ser  87.18 
 
 		 89 bp  69.9  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 92 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000880643  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 95 bp  69.9  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03508  tRNA-Ser  87.18 
 
 		 89 bp  69.9  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0096  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 92 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000162455  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 92 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t018  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000138338  hitchhiker  0.0000000303397 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t025  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000628867  hitchhiker  0.000000193085 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 96 bp  67.9  0.0000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0010  tRNA-Ser  84.04 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.836687 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.53957 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA23  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  63.9  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0658425  normal  0.252168 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0015  tRNA-Ser  84.04 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0022  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 95 bp  63.9  0.000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  63.9  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0346344 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0032  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 95 bp  63.9  0.000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0021  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.724963  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  63.9  0.000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0025  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00144133  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  63.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.245676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  63.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0368673  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0072  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00236568  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  63.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0537085  normal  0.0209317 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0027  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6023  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  63.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.309507  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  84.04 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  84.04 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000164961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  84.04 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0042  tRNA-Ser  84.04 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000792728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0048  tRNA-Ser  84.04 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000959117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0043  tRNA-Ser  84.04 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000142522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0049  tRNA-Ser  84.04 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000282544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  84.04 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  84.04 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  84.04 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  84.04 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0047  tRNA-Ser  84.04 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>