295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_R0062 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  188  2e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0005  tRNA-Ser  92.63 
 
 		 95 bp  133  7.999999999999999e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0068  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 96 bp  115  2.0000000000000002e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 94 bp  101  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  87.37 
 
 		 94 bp  85.7  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0007  tRNA-Ser  87.37 
 
 		 94 bp  85.7  0.000000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.12584  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0075  tRNA-Ser  87.37 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0018  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 94 bp  75.8  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.814887  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0008  tRNA-Ser  88.46 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0008  tRNA-Ser  88.46 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.183333  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 93 bp  71.9  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0004  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 93 bp  71.9  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327404  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 93 bp  71.9  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0058  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 93 bp  71.9  0.00000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.325073  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0047  tRNA-Ser  87.34 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00947013  normal  0.245138 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0025  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 94 bp  69.9  0.0000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  69.9  0.0000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna9  tRNA-Ser  87.34 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.475347  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0022  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 94 bp  65.9  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.155688  normal  0.486263 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0102  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000140281  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0002  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000353165 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0096  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000162455  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0120  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000721492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309375  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.748623  hitchhiker  0.000994808 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000880643  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309260  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0043  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.569209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0090  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00126509  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0111  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000122567  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0114  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000117562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000137453  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0105  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000566393  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0002  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0002  tRNA-Ser  83.16 
 
 		 95 bp  61.9  0.00000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 96 bp  61.9  0.00000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t018  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000138338  hitchhiker  0.0000000303397 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t025  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000628867  hitchhiker  0.000000193085 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0036  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.325342  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t17  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4271  tRNA-Ser  86.49 
 
 		 95 bp  60  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  9.700030000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0897  tRNA-Ser  86.49 
 
 		 95 bp  60  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000417881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0054  tRNA-Ser  86.49 
 
 		 93 bp  60  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000379646  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.231561  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.985807  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0008    96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0798492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA23  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0658425  normal  0.252168 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0023  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.309507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0057  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0002  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0003  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0042  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.245676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0833  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178185  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0058  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0003  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0039  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0368673  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0016  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0038  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0537085  normal  0.0209317 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  100 
 
 		 126 bp  58  0.0000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0009  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.4364  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer02  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 97 bp  58  0.0000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0030  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA5  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0419374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0003  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.642958  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0058  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0018  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0346344 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>