135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_tSer03 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_tSer03  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  2.0000000000000003e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.666732 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0012  tRNA-Ser  89.53 
 
 		 87 bp  99.6  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.331277  normal  0.288607 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  97.96 
 
 		 87 bp  89.7  1e-16  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.250098  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    89.19 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R29  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.274063  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t28  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0189168  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA35  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.189455  normal  0.46537 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0001  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  91.84 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0032  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0471  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3166t  tRNA-Ser  87.32 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.197881  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0092  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.2204  hitchhiker  0.0044365 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00022  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.183053  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00024  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0051  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000257936  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0053  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000297179  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0134  tRNA-Ser  86.05 
 
 		 85 bp  60  0.0000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.756856  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1410  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.183111 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0002  tRNA-Ser  86.05 
 
 		 88 bp  60  0.0000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.320544  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1045  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00618881  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0043  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027845  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0044  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0279967  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0042  tRNA-Ser  85.14 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121503  normal  0.0171671 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0008  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.0000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4662  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0024856  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4664  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.016683  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5025  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000128113  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5027  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0064  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.138222 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0066  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.355843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2101  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.995337 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2238  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2240  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.247872 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1015  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2776  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00819778  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0983  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.55277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1229  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1049  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0942593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1244  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.423353 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1064  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1199  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.754865 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0955  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.220816  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2057  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.411321  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 87 bp  56  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0008  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 92 bp  56  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0008  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.497275  hitchhiker  0.00175385 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0033  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0034  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.355586  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna37  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0032  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0073  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000286061  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4596  tRNA-Ser  84.51 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2323  tRNA-Ser  87.32 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0051  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.656743  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0007  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0169683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0018  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0208522  hitchhiker  0.00000010286 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0057  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.159641  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer01  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0568907  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t084  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0175155  normal  0.0606382 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0064  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000000759704  normal  0.0478316 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0040  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.469236  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0048  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0064  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.019452  normal  0.0125839 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0005  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.64663 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0048  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0026  tRNA-Ser  82.56 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.215798  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1356  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00596474  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna125  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.714037  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0026  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04530  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.303031  normal  0.07409 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0049  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000614407  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4233  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4234  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01622  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0059  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00206074  hitchhiker  0.00144451 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0060  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000793536  hitchhiker  0.00142352 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0059  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00759198  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2453  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  84.29 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0022  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.058085  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>