218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0134 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012039  Cla_0134  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.756856  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0002  tRNA-Ser  97.65 
 
 		 88 bp  153  8e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.320544  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2323  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0048  tRNA-Ser  93.51 
 
 		 90 bp  97.6  4e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0798542  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0047  tRNA-Ser  93.51 
 
 		 90 bp  97.6  4e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0012  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.331277  normal  0.288607 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0018  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0208522  hitchhiker  0.00000010286 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0006  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  85.37 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0007  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0166763  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  95.12 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.602947  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0034  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.355586  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna37  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0033  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0032  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0060  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.472015 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0287  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000949487  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1765  tRNA-Ser  95.12 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.393275  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2089  tRNA-Ser  95.12 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.835616  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t30  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232606  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0040  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.851223  normal  0.588712 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0082  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.338045  normal  0.030593 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0022  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0059  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00759198  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  85.33 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t084  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0175155  normal  0.0606382 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0064  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000000759704  normal  0.0478316 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0040  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.469236  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0048  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0049  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000614407  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07713  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0001  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer03  tRNA-Ser  86.05 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.666732 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer01  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0568907  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3166t  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.197881  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0026  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2234  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0045  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000150485  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0046  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0043  tRNA-Ser  84.93 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027845  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0044  tRNA-Ser  84.93 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0279967  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0060  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 90 bp  58  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00022  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.183053  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00024  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0051  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000257936  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0053  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000297179  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0064  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.138222 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5027  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1244  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.423353 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1015  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1064  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2101  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.995337 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2240  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.247872 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2774  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.12292  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2776  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00819778  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5025  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000128113  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1199  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.754865 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0983  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.55277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4596  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4664  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.016683  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1410  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.183111 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4662  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0024856  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0066  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.355843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1229  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0008  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0042  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121503  normal  0.0171671 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1049  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0942593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1045  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00618881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2238  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0955  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.220816  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2057  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.411321  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  84 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t038  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  84 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  84 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0023  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 91 bp  54  0.000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.137885 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0086  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0257958  normal  0.0951833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0086  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0207844  normal  0.661089 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>