210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_R0002 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013512  Sdel_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.320544  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0134  tRNA-Ser  97.65 
 
 		 85 bp  153  8e-36  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.756856  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2323  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1765  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.393275  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2089  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.835616  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.602947  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0048  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0798542  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0047  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2234  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2774  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.12292  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0012  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.331277  normal  0.288607 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 88 bp  69.9  0.00000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0033  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0034  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.355586  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0032  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna37  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0001  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0040  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer03  tRNA-Ser  86.05 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.666732 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer01  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0568907  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0141  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3166t  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.197881  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0046  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0043  tRNA-Ser  84.93 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027845  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0044  tRNA-Ser  84.93 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0279967  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0060  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00022  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.183053  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00024  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0051  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000257936  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0053  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000297179  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2238  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2057  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.411321  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0955  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.220816  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1015  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1199  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.754865 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1049  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0942593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2776  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00819778  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0064  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.138222 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2240  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.247872 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1410  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.183111 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1045  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00618881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2101  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.995337 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0042  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121503  normal  0.0171671 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0026  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.215798  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0066  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.355843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4596  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1229  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0983  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.55277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1064  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1244  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.423353 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4662  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0024856  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4664  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.016683  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5025  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000128113  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5027  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0043  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00175988  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  84 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  84 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0048  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  84 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0062  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.633699 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0057  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.159641  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0064  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0051  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.656743  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  84.42 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.250098  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0001  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.174874  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0054  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.144676  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0018  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0208522  hitchhiker  0.00000010286 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0006  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07713  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0055  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0814069  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0007  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0166763  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0055  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.223526  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ser-7  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000000210978  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000833602  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0043  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000139258  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0270  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>