125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CFF8240_0141 on replicon NC_008599
Organism: Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008599  CFF8240_0141  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2234  tRNA-Ser  92.94 
 
 		 90 bp  121  3e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  94.2 
 
 		 88 bp  105  2e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.602947  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1765  tRNA-Ser  92.75 
 
 		 88 bp  97.6  4e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.393275  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2089  tRNA-Ser  92.75 
 
 		 88 bp  97.6  4e-19  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.835616  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0018  tRNA-Ser  87.14 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0208522  hitchhiker  0.00000010286 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0010  tRNA-Ser  86.76 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0008  tRNA-Ser  86.76 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.602453  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0060  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1331  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1751  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.921389  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0343  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00912352  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1587  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.105956  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2146  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.643322  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2271  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.199643  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2323  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0002  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.320544  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.793336  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0059  tRNA-Ser  85.29 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00383957  normal  0.0396852 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0048  tRNA-Ser  83.72 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0798542  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0047  tRNA-Ser  83.72 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1265  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0405383  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer01  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0568907  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0002  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 95 bp  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0008  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 96 bp  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000013912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0011  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 96 bp  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000117466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0004  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198819  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00022  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.183053  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00024  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0051  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000257936  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0053  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000297179  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0051  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.656743  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0043  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.569209  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0073  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000286061  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0048  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0043  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00175988  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0045  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0064  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.019452  normal  0.0125839 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0043  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027845  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0044  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0279967  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1356  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00596474  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01622  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4662  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0024856  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4664  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.016683  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5025  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000128113  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5027  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0064  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.138222 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0066  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.355843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2101  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.995337 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2238  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna125  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.714037  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2774  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.12292  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2776  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00819778  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0001  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0057  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.159641  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0983  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.55277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1229  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1049  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0942593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1244  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.423353 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1064  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1199  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.754865 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0955  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.220816  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2057  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.411321  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1015  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2240  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.247872 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3166t  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.197881  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1045  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00618881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1410  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.183111 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0004  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t038  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0015  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1096  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0020  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716898  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0086  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0257958  normal  0.0951833 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0053  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0350418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0083  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0290175  normal  0.180812 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0004  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327404  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 92 bp  44.1  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>