62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_27540 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_27540  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00531398  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12720  tRNA-Ser  98.9 
 
 		 91 bp  172  9e-42  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.376956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0008  tRNA-Ser  97.8 
 
 		 91 bp  165  2.0000000000000002e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0048  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214676 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t24  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.313703  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA56  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00168094  normal  0.483596 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R71  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000974283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4609  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 93 bp  85.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t68  tRNA-Ser  89.86 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.613461  normal  0.197969 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0063  tRNA-Ser  89.86 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0394171  normal  0.40754 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0082  tRNA-Ser  89.86 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0041  tRNA-Ser  89.86 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0195063  normal  0.685776 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60450  tRNA-Ser  89.86 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.287736  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11590  tRNA-Ser  95.83 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0238741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52560  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00373165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27990  tRNA-Ser  95.83 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0058  tRNA-Ser  87.34 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.645587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0056  tRNA-Ser  95 
 
 		 94 bp  63.9  0.000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.124378  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0021  tRNA-Ser  85.92 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.753643 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0633  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.248026  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t07  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506644  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0010  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.600875  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0010  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.710813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0060  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.472015 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0018  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.814887  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0005  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 95 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0033  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0029  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.373926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0006  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.214474  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0038  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0662946  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0060  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0021  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.690365 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0043  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.626616  normal  0.0403391 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0030  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.924636  hitchhiker  0.0000671123 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0030  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0051  tRNA-Ser  82.42 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.573916  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0014  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 96 bp  52  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000019033  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0008  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0008  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.183333  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0058  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.325073  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0007  tRNA-Ser  90 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.12584  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0004  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327404  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0018  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.836687 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0068  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 96 bp  50.1  0.00009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 95 bp  48.1  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0055  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0025  tRNA-Ser  83.82 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112044  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0024  tRNA-Ser  83.82 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  81.32 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0033  tRNA-Ser  81.32 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.172474  normal  0.681526 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0002  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00386906  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0011  tRNA-Ser  81.32 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0060178  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0002  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0002  tRNA-Ser  88 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0002  tRNA-Ser  88 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000353165 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0008  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 96 bp  44.1  0.006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000013912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0002  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000899468  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0043  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.569209  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>