194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avin_60450 on replicon NC_012560
Organism: Azotobacter vinelandii DJ



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012560  Avin_60450  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.287736  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0058  tRNA-Ser  96.59 
 
 		 91 bp  151  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.645587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52560  tRNA-Ser  97.53 
 
 		 88 bp  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00373165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4609  tRNA-Ser  97.53 
 
 		 93 bp  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t24  tRNA-Ser  98.63 
 
 		 91 bp  137  5e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.313703  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA56  tRNA-Ser  98.63 
 
 		 91 bp  137  5e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00168094  normal  0.483596 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R71  tRNA-Ser  98.63 
 
 		 91 bp  137  5e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000974283  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t68  tRNA-Ser  94.81 
 
 		 88 bp  121  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.613461  normal  0.197969 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0063  tRNA-Ser  94.81 
 
 		 91 bp  121  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0394171  normal  0.40754 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0082  tRNA-Ser  94.81 
 
 		 91 bp  121  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0041  tRNA-Ser  94.81 
 
 		 91 bp  121  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0195063  normal  0.685776 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t07  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 88 bp  107  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506644  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0633  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 93 bp  107  4e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.248026  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0051  tRNA-Ser  91.03 
 
 		 91 bp  99.6  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.573916  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0008  tRNA-Ser  92.75 
 
 		 91 bp  97.6  4e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0010  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 91 bp  91.7  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.710813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0010  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 91 bp  91.7  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.600875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27540  tRNA-Ser  89.86 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00531398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0117  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000725148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000880643  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t084  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t090  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0114  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000117562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0075  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000164961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0011  tRNA-Ser  87.18 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0060178  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0120  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000721492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0042  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000792728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0048  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000959117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0043  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000142522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0049  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000282544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0047  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0038  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000174054  normal  0.534316 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0044  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000325542  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000137453  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0102  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000140281  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0026  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000318313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0031  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000309112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0090  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00126509  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0096  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000162455  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0105  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000566393  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0111  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000122567  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00050  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000206027  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0020  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.35698e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t018  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000138338  hitchhiker  0.0000000303397 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03508  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 89 bp  73.8  0.000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t025  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000628867  hitchhiker  0.000000193085 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12720  tRNA-Ser  88.41 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.376956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna105  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000135439  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03505  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 89 bp  73.8  0.000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2976  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 95 bp  73.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000227205  decreased coverage  0.0000509713 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0021  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.724963  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3130t  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0024  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000116075  hitchhiker  0.00382686 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0897  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 95 bp  73.8  0.000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000417881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3291  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 95 bp  73.8  0.000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.24422e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3134  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 95 bp  73.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000254951  hitchhiker  0.00502595 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0203  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.829329  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2944  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 95 bp  73.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000934837  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0027  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0072  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00236568  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3128t  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3941  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 95 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000307752  normal  0.728872 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2817  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 95 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000020425  hitchhiker  0.000210656 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5063  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000188963  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0054  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000379646  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0025  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00144133  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3011  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 95 bp  73.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00423056  hitchhiker  0.0000219403 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3027  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 95 bp  73.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000838388  decreased coverage  0.00000641147 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna107  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000883231  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0074  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000641426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0076  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000654825  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0078  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000727042  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0031  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000107168  unclonable  0.00000000962394 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4692  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 95 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.17965e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4271  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 95 bp  73.8  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  9.700030000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0039  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000174136  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0448  tRNA-Ser  86.84 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.359663  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 93 bp  69.9  0.00000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1044  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 92 bp  69.9  0.00000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0886  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 94 bp  69.9  0.00000000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000841076  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0993  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 92 bp  69.9  0.00000000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000644963  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4560  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0913747  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0010  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0033  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.172474  normal  0.681526 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6023  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0039  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151181 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>