229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A3027 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009800  EcHS_A4692  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  188  2e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.17965e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3011  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00423056  hitchhiker  0.0000219403 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3134  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000254951  hitchhiker  0.00502595 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3941  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  188  2e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000307752  normal  0.728872 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2817  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  188  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000020425  hitchhiker  0.000210656 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3027  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000838388  decreased coverage  0.00000641147 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2944  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000934837  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3291  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  188  2e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.24422e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2976  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000227205  decreased coverage  0.0000509713 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  3e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000107168  unclonable  0.00000000962394 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00050  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  3e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000206027  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  3e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.35698e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5063  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  3e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000188963  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  3e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000116075  hitchhiker  0.00382686 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0074  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  3e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000641426  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0072  tRNA-Ser  95.7 
 
 		 93 bp  153  8.999999999999999e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00236568  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0021  tRNA-Ser  95.7 
 
 		 93 bp  153  8.999999999999999e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.724963  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0027  tRNA-Ser  95.7 
 
 		 93 bp  153  8.999999999999999e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0025  tRNA-Ser  95.7 
 
 		 93 bp  153  8.999999999999999e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00144133  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4271  tRNA-Ser  93.68 
 
 		 95 bp  141  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  9.700030000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0897  tRNA-Ser  93.68 
 
 		 95 bp  141  3e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000417881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0054  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 93 bp  137  5e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000379646  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  97.26 
 
 		 93 bp  129  1.0000000000000001e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3128t  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  111  3e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3130t  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  111  3e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0203  tRNA-Ser  90 
 
 		 93 bp  107  5e-22  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.829329  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0078  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 93 bp  105  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000727042  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0076  tRNA-Ser  88.17 
 
 		 93 bp  97.6  5e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000654825  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna105  tRNA-Ser  98.08 
 
 		 92 bp  95.6  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000135439  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna107  tRNA-Ser  98.08 
 
 		 92 bp  95.6  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000883231  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03508  tRNA-Ser  98.08 
 
 		 89 bp  95.6  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03505  tRNA-Ser  98.08 
 
 		 89 bp  95.6  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer02  tRNA-Ser  88.42 
 
 		 97 bp  93.7  7e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0993  tRNA-Ser  91.78 
 
 		 92 bp  89.7  1e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000644963  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0886  tRNA-Ser  91.78 
 
 		 94 bp  89.7  1e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000841076  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0039  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000174136  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0066  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 93 bp  83.8  0.000000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00121253  normal  0.381565 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0015  tRNA-Ser  89.04 
 
 		 93 bp  81.8  0.00000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t68  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.613461  normal  0.197969 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0041  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0195063  normal  0.685776 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0082  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0063  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0394171  normal  0.40754 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0075  tRNA-Ser  92.59 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna9  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.475347  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0047  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00947013  normal  0.245138 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t084  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t090  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0111  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000122567  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0105  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000566393  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0114  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000117562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0120  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000721492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t025  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000628867  hitchhiker  0.000000193085 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0656  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 95 bp  73.8  0.000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60450  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.287736  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000880643  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t018  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000138338  hitchhiker  0.0000000303397 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0015  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000164961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0020  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716898  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0042  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000792728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0048  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000959117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0043  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000142522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0049  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000282544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0047  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0096  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000162455  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0090  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00126509  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0038  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000174054  normal  0.534316 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0044  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000325542  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000137453  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0102  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000140281  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0026  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000318313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0031  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000309112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4609  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0058  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.645587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52560  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00373165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0045  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0008  tRNA-Ser  87.14 
 
 		 93 bp  67.9  0.0000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0117  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 93 bp  67.9  0.0000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000725148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0008  tRNA-Ser  87.14 
 
 		 93 bp  67.9  0.0000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.183333  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0010  tRNA-Ser  88.31 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.600875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  89.04 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0043  tRNA-Ser  89.04 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.710531 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0010  tRNA-Ser  88.31 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.710813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0010  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4560  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0913747  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t07  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506644  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>