291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_R0056 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0268608  normal  0.036349 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0010  tRNA-Ser  90.32 
 
 		 93 bp  113  8.000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0597346  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0018  tRNA-Ser  90.32 
 
 		 93 bp  113  8.000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.648957  normal  0.166576 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0014  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 92 bp  93.7  7e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0011  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0012  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0188639 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  95 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt09  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 87 bp  60  0.0000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.177778 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 94 bp  60  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0048  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.59957 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS04528  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0104134  normal  0.589043 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.309507  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0114539  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3162  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.635575  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0066  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00121253  normal  0.381565 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.113277  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00103518  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA23  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0658425  normal  0.252168 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0346344 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2675  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.836687 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.614719  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1946  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.53957 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.245676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.574265  normal  0.350655 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1426  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0368673  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000960989  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0537085  normal  0.0209317 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00785385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.753643 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2153  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0014  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000010946  hitchhiker  0.00318065 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0010  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.841782  normal  0.0490486 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0091  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0220813  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2538  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.536937  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.233723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0013  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0325227  normal  0.449297 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0013  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0131326  normal  0.0455197 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0112304  hitchhiker  0.00398859 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2590  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.102937  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.701853  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.286369  normal  0.0478712 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 89 bp  56  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 94 bp  56  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02010  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  56  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.537129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0058  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000154227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0003  tRNA-Ser  85.92 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0024  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.107228  normal  0.17939 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4596  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0066  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0067  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198347  normal  0.511867 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0031  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.981637  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  96.67 
 
 		 126 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0036  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer02  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.111902 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0015  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0033  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000164961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>