173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_R0015 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4302  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  117  5e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0357702  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0009  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  117  5e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.509163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0008  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 90 bp  109  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.201006 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0633  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 93 bp  109  1e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.248026  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t07  tRNA-Ser  89.77 
 
 		 88 bp  103  7e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506644  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0051  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.573916  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0039  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151181 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0044  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.134546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0448  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.359663  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0010  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.600875  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0010  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.710813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0058  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.645587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4609  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52560  tRNA-Ser  87.18 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00373165  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t24  tRNA-Ser  87.32 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.313703  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA56  tRNA-Ser  87.32 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00168094  normal  0.483596 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R71  tRNA-Ser  87.32 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000974283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6023  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0010  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999563  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS04528  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0104134  normal  0.589043 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  92.59 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0114539  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0066  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 93 bp  67.9  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00121253  normal  0.381565 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0009  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00103518  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0046  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.574265  normal  0.350655 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2675  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0067  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198347  normal  0.511867 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1946  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0051  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0325227  normal  0.449297 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0343  tRNA-Ser  92.59 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00912352  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0059  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00785385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0046  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000960989  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1265  tRNA-Ser  92.59 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0405383  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0016  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.59957 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0014  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000010946  hitchhiker  0.00318065 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0091  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0220813  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0011  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0060178  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0059  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.233723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0059  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.102937  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0027  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.113277  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0057  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.701853  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0029  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0112304  hitchhiker  0.00398859 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0027  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.614719  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0013  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0131326  normal  0.0455197 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2153  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1751  tRNA-Ser  92.59 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.921389  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3162  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.635575  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2538  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.536937  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2590  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1426  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t68  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.613461  normal  0.197969 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0063  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0394171  normal  0.40754 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0025  tRNA-Ser  84.04 
 
 		 94 bp  63.9  0.000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0082  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60450  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.287736  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0041  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0195063  normal  0.685776 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0018  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.836687 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0022  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 95 bp  61.9  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0032  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 95 bp  61.9  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0033  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.172474  normal  0.681526 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4560  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0913747  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0006  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07713  tRNA-Ser  83.53 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0006  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0008  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0043  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.710531 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0049  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.53957 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0006  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.286369  normal  0.0478712 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t084  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t090  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0042  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.245676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0039  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0368673  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0022  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.155688  normal  0.486263 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0021  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.753643 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0042  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000792728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0048  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000959117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0043  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000142522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0049  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000282544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0120  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000721492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0047  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0114  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000117562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000137453  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0102  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000140281  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0026  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000318313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0031  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000309112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0090  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00126509  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0096  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000162455  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA23  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0658425  normal  0.252168 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>