295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_R0006 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.286369  normal  0.0478712 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02010  tRNA-Ser  91.8 
 
 		 92 bp  81.8  0.00000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.537129  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0030  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.582524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0049  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.574265  normal  0.350655 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.309507  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04528  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0104134  normal  0.589043 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0114539  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0044  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.179074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.614719  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0066  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00121253  normal  0.381565 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0346344 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00103518  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3162  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.635575  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2675  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00785385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0010  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.841782  normal  0.0490486 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.113277  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.836687 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1426  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2590  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1946  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2153  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.245676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA23  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0658425  normal  0.252168 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0368673  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000960989  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0537085  normal  0.0209317 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.233723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0325227  normal  0.449297 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.753643 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0013  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0131326  normal  0.0455197 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0026  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0112304  hitchhiker  0.00398859 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0014  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000010946  hitchhiker  0.00318065 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0091  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0220813  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0013  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2538  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.536937  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.59957 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0064  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.53957 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.102937  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.701853  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0268608  normal  0.036349 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t17  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0038  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0010  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0597346  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0038  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.231561  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.648957  normal  0.166576 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0008  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.201006 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0033  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.985807  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0044  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.134546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0009  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.509163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4302  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0357702  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0067  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198347  normal  0.511867 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0025  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.940611  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0015  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1783  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.762858  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0039  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151181 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  90.7 
 
 		 126 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0046  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1363  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 96 bp  54  0.000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t084  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t090  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0026  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000318313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0090  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00126509  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0014  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0102  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000140281  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0096  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000162455  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0006  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.214474  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0033  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000164961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000137453  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0031  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000309112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0047  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000880643  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>