294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_R0038 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_tRNA23  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  186  6e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0658425  normal  0.252168 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  186  6e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.309507  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  186  6e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.245676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  186  6e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0537085  normal  0.0209317 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0039  tRNA-Ser  98.94 
 
 		 94 bp  178  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0368673  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0030  tRNA-Ser  98.94 
 
 		 94 bp  178  2e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0018  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 94 bp  170  4e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0346344 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0039    98.86 
 
 		 94 bp  167  5.9999999999999996e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0040  tRNA-Ser  98.86 
 
 		 94 bp  167  5.9999999999999996e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0005  tRNA-Ser  91.58 
 
 		 95 bp  117  5e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0042  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 93 bp  99.6  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00852582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0054  tRNA-Ser  89.89 
 
 		 95 bp  97.6  5e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.6985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0063  tRNA-Ser  90.67 
 
 		 93 bp  85.7  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.80963  normal  0.240218 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0833  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0657  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 93 bp  85.7  0.000000000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.96086  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0038  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 93 bp  83.8  0.000000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.125413  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  88.31 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.505104  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 94 bp  75.8  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0042  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 93 bp  71.9  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.810595  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0026  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.548362  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t15  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.836687 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0036  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  63.9  0.000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0032  tRNA-Ser  83.7 
 
 		 94 bp  63.9  0.000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0075389 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.53957 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0007  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0031  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.981637  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2538  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.536937  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04528  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0104134  normal  0.589043 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0114539  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3162  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.635575  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0066  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00121253  normal  0.381565 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00103518  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.233723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2675  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0112304  hitchhiker  0.00398859 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.614719  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.59957 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2153  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1946  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.753643 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0325227  normal  0.449297 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0013  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0131326  normal  0.0455197 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000960989  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0041  tRNA-Ser  84.34 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.416329 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.113277  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0014  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000010946  hitchhiker  0.00318065 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0091  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0220813  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2590  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1426  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0036  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.325342  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00785385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.102937  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.701853  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0013  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.574265  normal  0.350655 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.286369  normal  0.0478712 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0010  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.841782  normal  0.0490486 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0268608  normal  0.036349 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02010  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.537129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 95 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0054  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0010  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0597346  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.648957  normal  0.166576 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0067  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198347  normal  0.511867 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0020  tRNA-Ser  89.58 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00000608606  hitchhiker  0.0000000136932 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000880643  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0031  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000309112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0060  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0026  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000318313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0090  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00126509  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0006  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.214474  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0033  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0043  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.626616  normal  0.0403391 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0043  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000142522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0049  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000282544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0047  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0096  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000162455  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>