217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_R0032 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00891342 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0023  tRNA-Ser  94.25 
 
 		 87 bp  133  7.999999999999999e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.290353  normal  0.259608 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0048  tRNA-Ser  94 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0003  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0008  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 86 bp  73.8  0.000000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0742703  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt09  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.177778 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0010  tRNA-Ser  85.37 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0597346  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0018  tRNA-Ser  85.37 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.648957  normal  0.166576 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.802654  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0101109  normal  0.0876341 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.589584  normal  0.364354 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.327618  normal  0.0398256 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0213479 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0039  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0837952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0071  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.612949  normal  0.325522 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1359  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.89612  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0056  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.129701  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.715121  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0056  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.124384  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0055  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.265922  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0012  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0470905  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1302  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000237052  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0057  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 97 bp  56  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000328562  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer02  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.111902 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0030  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.191497  normal  0.473607 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0001  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.174874  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0033  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.374525 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0027  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.796709  normal  0.0348643 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1916  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0049  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430745  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0049  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0044  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0050  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0567726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0047  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0212707  normal  0.0426305 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0009  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56396 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0051  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.352709 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0054  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.35196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0026  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0008  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0015  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00859623  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0056  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.300802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0055  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.223526  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0054  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.144676  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0050  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 95 bp  50.1  0.00009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0060  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0238234  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0009  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0314444  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0011  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0060178  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0017  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0025  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0055  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0814069  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0042  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.399999  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0042  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0039  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.801401  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0026  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0015  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0016  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266045  normal  0.745909 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0011  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0053  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.256753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0019  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.698383 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 94 bp  48.1  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0046  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0061  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.318482  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0052  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.360325 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0001  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.981732 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>