58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_R0007 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.846387  normal  0.194729 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0010  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 89 bp  151  3e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.314795  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0053  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  149  1.0000000000000001e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451369  hitchhiker  0.000135525 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0008  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 89 bp  135  1.9999999999999998e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0009  tRNA-Ser  94.25 
 
 		 88 bp  133  7.999999999999999e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0008  tRNA-Ser  94.32 
 
 		 89 bp  127  5e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0008  tRNA-Ser  93.1 
 
 		 88 bp  125  2e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0008  tRNA-Ser  93.1 
 
 		 88 bp  125  2e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.443501 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0053  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 89 bp  119  9.999999999999999e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0008  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 89 bp  119  9.999999999999999e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0009  tRNA-Ser  91.95 
 
 		 88 bp  117  5e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02690  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 86 bp  115  2.0000000000000002e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.599018  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0009  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 86 bp  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.503093  normal  0.84111 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0059  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 86 bp  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0162637  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0010  tRNA-Ser  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.677549  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0061  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 85 bp  107  4e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0052  tRNA-Ser  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.407966  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25970  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 88 bp  101  3e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0004  tRNA-Ser  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0009  tRNA-Ser  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00450491 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0009  tRNA-Ser  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0009  tRNA-Ser  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.528641  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04660  tRNA-Ser  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.321239  normal  0.959578 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14041  tRNA-Ser  89.77 
 
 		 89 bp  95.6  2e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.197809 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0072  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  95.6  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28870  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 88 bp  93.7  7e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.132157  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0034  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 88 bp  93.7  7e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0055  tRNA-Ser  89.53 
 
 		 86 bp  91.7  3e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0827616  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0054  tRNA-Ser  89.53 
 
 		 86 bp  91.7  3e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0054  tRNA-Ser  97.96 
 
 		 88 bp  89.7  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.40887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0007  tRNA-Ser  97.96 
 
 		 88 bp  89.7  1e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0088  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 89 bp  87.7  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36730  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.441005 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0011  tRNA-Ser  95.92 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.213585  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0075  tRNA-Ser  95.83 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1402  tRNA-Ser  95.83 
 
 		 85 bp  79.8  0.0000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0065  tRNA-Ser  96 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.773691 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0059  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.826409  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0060  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154466  normal  0.0269773 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0471  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0532  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.936136  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0002  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.437466  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0089  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0008  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0002  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0058  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0053  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.308091 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>