181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_R0001 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008346  Swol_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00401168  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0101  tRNA-Ser  98.89 
 
 		 90 bp  170  4e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.174048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0006  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.121639  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0001  tRNA-Ser  93.41 
 
 		 91 bp  125  2e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0058  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481148  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0009  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0003  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 86 bp  69.9  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000000261436  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0001  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 89 bp  67.9  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000514478  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  88.71 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0058  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.337917  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.232156  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0026  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.369996  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000352958  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0001  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0003  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000308763  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0001  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000012386 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.44549  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0045  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.331692  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_513  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1368  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  89.8 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0004  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12770  tRNA-Ser  85 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0002  tRNA-Ser  83.7 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000138039  hitchhiker  0.00000107328 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0028  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.208638  hitchhiker  0.00938841 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0001  tRNA-Ser  89.58 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0056  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0057  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.570603  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.226998  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0004  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000551383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0030  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.993805 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0004  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 96 bp  54  0.000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.489896  normal  0.220427 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0057  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0055  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0709169  normal  0.617884 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.3235  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0005  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.87296e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0008  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.59905e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0014  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00196818  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0029  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.578587  hitchhiker  0.00382784 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  82.56 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6557  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.209709  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_626  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0010  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.812149  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0029  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0695798 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0043  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.179868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0021  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.846979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0027  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0040  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000505544  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0017  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0414  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer01  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.454319  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0045  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03630  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.187343  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0005  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.507885  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0059  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.98639 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309348  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00366383 
 
 
-
 
NC_002950  PGt19  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00413231 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0051  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0006  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0002  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4306  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0019  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0027  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.796709  normal  0.0348643 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0004  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0773482 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0048  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0077  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.361523 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0015  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.399883  normal  0.370558 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0060  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0055  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.362894 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309077  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.537864  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNASerVIMSS1309109  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.701033  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0070  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNASerVIMSS1309153  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1916  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1653  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2241  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0001  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000971993  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0095  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2328  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0176305  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0065  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.211097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  91.43 
 
 		 126 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>