22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1368 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1368  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0051  tRNA-Ser  89.04 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0333469  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.44549  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_513  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0058  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 91 bp  69.9  0.00000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481148  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0009  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0001  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0001  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00401168  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0101  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.174048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0040  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0721486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0006  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.121639  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0468  tRNA-Ser  90 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0001  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000514478  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03630  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.187343  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0045  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.331692  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0004  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.558819  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0050  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.628519  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1364  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0004  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0034  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000648564  hitchhiker  0.0000599111 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0030  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 92 bp  44.1  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.305018  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0014  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00196818  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>