185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_R0006 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  178  1e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.121639  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0101  tRNA-Ser  95.56 
 
 
90 bp  147  5e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.174048  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0001  tRNA-Ser  94.44 
 
 
90 bp  139  1e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00401168  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0001  tRNA-Ser  92.31 
 
 
91 bp  117  5e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0058  tRNA-Ser  87.91 
 
 
91 bp  85.7  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481148  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  85.56 
 
 
86 bp  73.8  0.000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  93.48 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.232156  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0045  tRNA-Ser  93.48 
 
 
93 bp  67.9  0.0000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.331692  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0001  tRNA-Ser  91.84 
 
 
86 bp  65.9  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000012386 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0001  tRNA-Ser  91.84 
 
 
86 bp  65.9  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0003  tRNA-Ser  91.84 
 
 
86 bp  65.9  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000308763  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0004  tRNA-Ser  93.33 
 
 
90 bp  65.9  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0003  tRNA-Ser  97.3 
 
 
86 bp  65.9  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000000261436  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.437466  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0001  tRNA-Ser  84.44 
 
 
89 bp  60  0.00000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000514478  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0056  tRNA-Ser  86.89 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0097  tRNA-Ser  96.97 
 
 
92 bp  58  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0107664  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0002  tRNA-Ser  84.78 
 
 
92 bp  56  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000138039  hitchhiker  0.00000107328 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0006  tRNA-Ser  96.88 
 
 
92 bp  56  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000844947  hitchhiker  0.0000061408 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  96.88 
 
 
90 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  96.88 
 
 
90 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 
87 bp  56  0.000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0015  tRNA-Ser  85.94 
 
 
90 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00859623  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  96.88 
 
 
90 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PGt19  tRNA-Ser  87.1 
 
 
88 bp  54  0.000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00413231 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0058  tRNA-Ser  92.31 
 
 
86 bp  54  0.000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.337917  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1368  tRNA-Ser  92.31 
 
 
88 bp  54  0.000006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0048  tRNA-Ser  90.7 
 
 
90 bp  54  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0005  tRNA-Ser  96.77 
 
 
95 bp  54  0.000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000565734  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  94.29 
 
 
88 bp  54  0.000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12770  tRNA-Ser  83.33 
 
 
88 bp  54  0.000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0004  tRNA-Ser  90.7 
 
 
96 bp  54  0.000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.489896  normal  0.220427 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.44549  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0008  tRNA-Ser  96.67 
 
 
88 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.59905e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0014  tRNA-Ser  96.67 
 
 
91 bp  52  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00196818  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0055  tRNA-Ser  89.13 
 
 
90 bp  52  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.953649  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0026  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.369996  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0003  tRNA-Ser  96.67 
 
 
96 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000368524  hitchhiker  0.00000112362 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  96.67 
 
 
91 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_513  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0050  tRNA-Ser  96.67 
 
 
93 bp  52  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000005871  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer01  tRNA-Ser  92.11 
 
 
88 bp  52  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.454319  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0063  tRNA-Ser  96.67 
 
 
88 bp  52  0.00002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.874124  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0041  tRNA-Ser  96.67 
 
 
93 bp  52  0.00002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.368592 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0009  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  85.48 
 
 
90 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  96.67 
 
 
92 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0043  tRNA-Ser  96.67 
 
 
92 bp  52  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.179868  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0027  tRNA-Ser  96.67 
 
 
92 bp  52  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0029  tRNA-Ser  96.55 
 
 
90 bp  50.1  0.00009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.124844  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0017  tRNA-Ser  96.55 
 
 
91 bp  50.1  0.00009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0007  tRNA-Ser  96.55 
 
 
95 bp  50.1  0.00009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.025626  hitchhiker  0.00000743472 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0056  tRNA-Ser  93.94 
 
 
90 bp  50.1  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0046  tRNA-Ser  96.55 
 
 
92 bp  50.1  0.00009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00112591  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0006  tRNA-Ser  96.55 
 
 
90 bp  50.1  0.00009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000860706  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0057  tRNA-Ser  93.94 
 
 
90 bp  50.1  0.00009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.570603  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0028  tRNA-Ser  85.94 
 
 
88 bp  50.1  0.00009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.208638  hitchhiker  0.00938841 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26140  tRNA-Ser  96.55 
 
 
90 bp  50.1  0.00009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0007  tRNA-Ser  96.55 
 
 
90 bp  50.1  0.00009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0053  tRNA-Ser  96.55 
 
 
94 bp  50.1  0.00009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00121332  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0054  tRNA-Ser  96.55 
 
 
93 bp  50.1  0.00009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00119077  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0005  tRNA-Ser  96.55 
 
 
96 bp  50.1  0.00009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0055  tRNA-Ser  93.94 
 
 
90 bp  50.1  0.00009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0709169  normal  0.617884 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0057  tRNA-Ser  93.94 
 
 
90 bp  50.1  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0005  tRNA-Ser  96.43 
 
 
90 bp  48.1  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.507885  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03630  tRNA-Ser  91.67 
 
 
88 bp  48.1  0.0004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.187343  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0005  tRNA-Ser  91.67 
 
 
86 bp  48.1  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.87296e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0001  tRNA-Ser  91.67 
 
 
90 bp  48.1  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0053  tRNA-Ser  84.38 
 
 
90 bp  48.1  0.0004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.163245  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  84.38 
 
 
90 bp  48.1  0.0004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0066  tRNA-Ser  96.43 
 
 
89 bp  48.1  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0635927  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0063  tRNA-Ser  96.43 
 
 
90 bp  48.1  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000545483 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309348  tRNA-Ser  96.43 
 
 
85 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00366383 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0065  tRNA-Ser  91.43 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.211097  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0009  tRNA-Ser  96.3 
 
 
88 bp  46.1  0.001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    91.43 
 
 
90 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  91.43 
 
 
90 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0027  tRNA-Ser  91.43 
 
 
91 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.796709  normal  0.0348643 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0077  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.361523 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0015  tRNA-Ser  93.55 
 
 
90 bp  46.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.399883  normal  0.370558 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  96.3 
 
 
91 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0095  tRNA-Ser  91.43 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2241  tRNA-Ser  91.43 
 
 
92 bp  46.1  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1916  tRNA-Ser  91.43 
 
 
91 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  91.43 
 
 
90 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  91.43 
 
 
90 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  91.43 
 
 
90 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2328  tRNA-Ser  91.43 
 
 
92 bp  46.1  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0176305  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0040  tRNA-Ser  93.55 
 
 
91 bp  46.1  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>