152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_R0040 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_R0040  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0721486  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t60  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R47  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00483032  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30420  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0046  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.52557  normal  0.0292878 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0049  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123385 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2605  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.164026  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4242  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.139053  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4245  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123139  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0054  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000530132  hitchhiker  0.00450232 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0073  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673451  normal  0.952088 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1445  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000299602  normal  0.74415 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3212  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000867673  hitchhiker  0.00385605 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0074  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.982484  normal  0.493947 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0068  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.639898  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0070  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0051  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.794594  normal  0.436423 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0038  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.64209  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0038  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0957945 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0049  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0043  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0058  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.345279  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0056  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000159077  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0047  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0014  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00196818  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1368  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0001  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0004  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0003  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000308763  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0001  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000012386 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00023  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.115823  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0052  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000218477  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1045  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.395551  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1128  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  8.93394e-25 
 
 
-
 
NC_006368  lppt15  tRNA-Ser  89.58 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt15  tRNA-Ser  89.58 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60250  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1195  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0055  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.953649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0040  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000505544  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1206  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0031  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.52176  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0055  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.362894 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0064  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer03  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000286931  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0006  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0291328  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1162  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.520358 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0085  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0041  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.985035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0042  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.760649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0006  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0004  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 96 bp  56  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.489896  normal  0.220427 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4663  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000383735  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5026  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000747875  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1150  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.14508  normal  0.321314 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0024  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.771773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0065  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0269499  hitchhiker  0.0000672663 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2147  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0226086  normal  0.478396 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0078  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.412983 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0045  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103835  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0063  tRNA-Ser  85.29 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.874124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2775  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0559618  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0414  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  84.29 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.232156  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0051  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1188  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0005  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.87296e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0058  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.337917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.179049 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0045  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0003  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000000261436  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0087  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1628  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100437  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2548  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.221952  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0027  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>