280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_R0001 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  176  6e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000514478  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0001  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000971993  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0030  tRNA-Ser  91.01 
 
 		 92 bp  93.7  7e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.305018  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0001  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  87.7  4e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    88.37 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0002  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 92 bp  81.8  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000138039  hitchhiker  0.00000107328 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0024  tRNA-Ser  89.71 
 
 		 86 bp  79.8  0.0000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000896566  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0058  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481148  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0101  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.174048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0051  tRNA-Ser  86.52 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0015  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.399883  normal  0.370558 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.44549  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0029  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0695798 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0029  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.578587  hitchhiker  0.00382784 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_513  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0001  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00401168  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0009  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6557  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.209709  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0044  tRNA-Ser  90.16 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.919429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0005  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.507885  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0008  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.59905e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.369996  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0006  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.121639  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0037  tRNA-Ser  88.71 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.179868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0017  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0045  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0064  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0009  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56396 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0005  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.87296e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309348  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00366383 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0058  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.337917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0019  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNASerVIMSS1309153  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0038  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0957945 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1368  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNASerVIMSS1309109  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.701033  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309077  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.537864  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0020  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.437466  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0058  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0056  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.300802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0042  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0060  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0238234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0020  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474391  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0050  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 95 bp  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0003  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000352958  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0026  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0039  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0837952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0049  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430745  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0011  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000356582  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0016  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25212  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0009  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0314444  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0026  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0071  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.612949  normal  0.325522 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0011  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000020571  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0020  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000279597  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1916  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0025  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0027  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.796709  normal  0.0348643 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0039  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.801401  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0063  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.80963  normal  0.240218 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0015  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00859623  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0049  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0044  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0050  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0567726  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>