264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daud_R0006 on replicon NC_010424
Organism: Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010424  Daud_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000860706  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0053  tRNA-Ser  88.3 
 
 		 94 bp  87.7  4e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00121332  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0006  tRNA-Ser  87.95 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0052  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0040  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0025  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  69.9  0.0000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4314  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.650713  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0007  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 95 bp  69.9  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.025626  hitchhiker  0.00000743472 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0034  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer01  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0568907  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0020  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.437466  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00119077  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00112591  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0008  tRNA-Ser  84.34 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0032  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0060  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.000000115188  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0017  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00284743  normal  0.30406 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0063  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.874124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0097  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0107664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  58  0.0000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000368524  hitchhiker  0.00000112362 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000844947  hitchhiker  0.0000061408 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0050  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000005871  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.368592 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  58  0.0000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000565734  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0042  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0034  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0033  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000207879  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  83.13 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0033  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000107313  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  83.13 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4577  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1742  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0902657  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0027  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.361674  hitchhiker  0.00190717 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0001  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.174874  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0036  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.5837599999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0013  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0004  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.303536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0002  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00386906  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0018  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0058  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0027  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.796709  normal  0.0348643 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0020  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474391  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0004  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.020254  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0011  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.796085  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0016  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25212  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0023  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0041  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.562002  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0001  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000971993  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0026  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0020  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000279597  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0031  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0876919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0025  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0052  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 96 bp  50.1  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0340813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0060  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0238234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0039  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.801401  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0054  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 95 bp  50.1  0.00009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.582085  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>