126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_R0004 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014165  Tbis_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 
89 bp  176  6e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.303536  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0004  tRNA-Ser  91.21 
 
 
89 bp  105  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0007  tRNA-Ser  88.76 
 
 
87 bp  91.7  3e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0063  tRNA-Ser  87.64 
 
 
89 bp  89.7  1e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0005  tRNA-Ser  87.64 
 
 
89 bp  89.7  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0472485  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0006  tRNA-Ser  90.74 
 
 
92 bp  67.9  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0007  tRNA-Ser  96.77 
 
 
90 bp  54  0.000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0054  tRNA-Ser  96.67 
 
 
93 bp  52  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00119077  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0053  tRNA-Ser  96.67 
 
 
94 bp  52  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00121332  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0042  tRNA-Ser  96.67 
 
 
93 bp  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0046  tRNA-Ser  96.67 
 
 
92 bp  52  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00112591  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0005  tRNA-Ser  96.67 
 
 
96 bp  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0006  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000860706  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  52  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26140  tRNA-Ser  86.15 
 
 
90 bp  52  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0052  tRNA-Ser  96.67 
 
 
87 bp  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0027  tRNA-Ser  96.55 
 
 
87 bp  50.1  0.00009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.361674  hitchhiker  0.00190717 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0004  tRNA-Ser  96.55 
 
 
89 bp  50.1  0.00009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0066  tRNA-Ser  90.24 
 
 
85 bp  50.1  0.00009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.332689 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0036  tRNA-Ser  100 
 
 
88 bp  50.1  0.00009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 
96 bp  50.1  0.00009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.489896  normal  0.220427 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0007  tRNA-Ser  96.43 
 
 
95 bp  48.1  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.025626  hitchhiker  0.00000743472 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0061  tRNA-Ser  91.67 
 
 
87 bp  48.1  0.0004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.017138 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0063  tRNA-Ser  91.67 
 
 
90 bp  48.1  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000545483 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0034  tRNA-Ser  96.43 
 
 
92 bp  48.1  0.0004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0028  tRNA-Ser  96.3 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.411326  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309074  tRNA-Ser  96.3 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNASerVIMSS1309125  tRNA-Ser  96.3 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309262  tRNA-Ser  96.3 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNASerVIMSS1309150  tRNA-Ser  96.3 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4577  tRNA-Ser  96.3 
 
 
90 bp  46.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0018  tRNA-Ser  96.3 
 
 
90 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt19  tRNA-Ser  93.33 
 
 
88 bp  44.1  0.005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00413231 
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  96.15 
 
 
88 bp  44.1  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0011  tRNA-Ser  96.15 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0035  tRNA-Ser  96.15 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0034  tRNA-Ser  96.15 
 
 
96 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0002  tRNA-Ser  96.15 
 
 
85 bp  44.1  0.005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0016  tRNA-Ser  96.15 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000309331  unclonable  0.0000000000000213015 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0003  tRNA-Ser  96.15 
 
 
96 bp  44.1  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000368524  hitchhiker  0.00000112362 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0006  tRNA-Ser  96.15 
 
 
92 bp  44.1  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000844947  hitchhiker  0.0000061408 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  96.15 
 
 
88 bp  44.1  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  96.15 
 
 
88 bp  44.1  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0032  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0009  tRNA-Ser  96.15 
 
 
91 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0314444  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0041  tRNA-Ser  96.15 
 
 
85 bp  44.1  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.926323  normal  0.128677 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0005  tRNA-Ser  96.15 
 
 
95 bp  44.1  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000565734  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0028  tRNA-Ser  93.33 
 
 
88 bp  44.1  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.208638  hitchhiker  0.00938841 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  96.15 
 
 
91 bp  44.1  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0052  tRNA-Ser  96.15 
 
 
96 bp  44.1  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0340813  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0039  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.801401  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0054  tRNA-Ser  96.15 
 
 
95 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.582085  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0049  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  96.15 
 
 
88 bp  44.1  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0044  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNASerVIMSS1309192  tRNA-Ser  96.15 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309256  tRNA-Ser  96.15 
 
 
85 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.123875 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0011  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.796085  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0020  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474391  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0016  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25212  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309347  tRNA-Ser  96.15 
 
 
88 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233561 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0058  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0020  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000279597  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0026  tRNA-Ser  96.15 
 
 
91 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0009  tRNA-Ser  96.15 
 
 
88 bp  44.1  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56396 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0026  tRNA-Ser  96.15 
 
 
91 bp  44.1  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306845  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0071  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.612949  normal  0.325522 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0013  tRNA-Ser  96.15 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0063  tRNA-Ser  96.15 
 
 
88 bp  44.1  0.005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.874124  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0023  tRNA-Ser  96.15 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0024  tRNA-Ser  96.15 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.595817 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0019  tRNA-Ser  96.15 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282273 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0042  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0027  tRNA-Ser  96.15 
 
 
91 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.796709  normal  0.0348643 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0031  tRNA-Ser  96.15 
 
 
91 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0876919  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  96.15 
 
 
91 bp  44.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0056  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.300802  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0050  tRNA-Ser  96.15 
 
 
85 bp  44.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1916  tRNA-Ser  96.15 
 
 
91 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2055  tRNA-Ser  96.15 
 
 
93 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.311721  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0009  tRNA-Ser  96.15 
 
 
94 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000273575 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>