195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_R0012 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_R0012  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  182  1e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0470905  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0007  tRNA-Ser  85.39 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309260  tRNA-Ser  85.39 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309375  tRNA-Ser  85.39 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.748623  hitchhiker  0.000994808 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0027  tRNA-Ser  84.27 
 
 		 87 bp  60  0.0000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.361674  hitchhiker  0.00190717 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.715121  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.802654  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0213479 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0742703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00891342 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.589584  normal  0.364354 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1359  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.89612  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.327618  normal  0.0398256 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0101109  normal  0.0876341 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1302  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000237052  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0014  tRNA-Ser  83.15 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0025  tRNA-Ser  83.15 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.940611  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0037  tRNA-Ser  83.15 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.489158 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0011  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0060178  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0018  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0033  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.374525 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0042  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.399999  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0057  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 97 bp  50.1  0.00009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000328562  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0030  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.191497  normal  0.473607 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0047  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0212707  normal  0.0426305 
 
 
-
 
NC_002950  PGt17  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0051  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.267767  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0009  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0496471  hitchhiker  0.00256028 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0004  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.317107  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0008    96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0798492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0031  tRNA-Asp  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00218034  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0034  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 96 bp  44.1  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0024  tRNA-Asp  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000583743  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0026  tRNA-Asp  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000484492  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0021  tRNA-Ser  82.02 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.146581  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0041  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.562002  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0002  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0003  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0009  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.4364  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0032  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0042  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00852582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0009  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0314444  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0061  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.318482  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0031  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.110532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 96 bp  44.1  0.006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0025  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0052  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 96 bp  44.1  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0340813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0033  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.985807  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0039  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.801401  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0054  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 95 bp  44.1  0.006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.582085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0044  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0004  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.442962  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0011  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.796085  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA5  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0419374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0020  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474391  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1783  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.762858  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0041  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.173874 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0052  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4609  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0016  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25212  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0001  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.981732 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0029  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>