299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_R0026 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_R0024  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000583743  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0026  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000484492  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0031  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00218034  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAsp01  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 80 bp  137  4e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAsp03  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 80 bp  137  4e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0012  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0052  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.11215  normal  0.0559478 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0046  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000445856  hitchhiker  0.00000000718315 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0048  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.042005  normal  0.0861498 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0054  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0628867  normal  0.0552316 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0050  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.041206  normal  0.0538679 
 
 
-
 
NC_002950  PGt33  tRNA-Asp  98.48 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.205287 
 
 
-
 
NC_002950  PGt43  tRNA-Asp  98.48 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.022546 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1638  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 79 bp  121  1.9999999999999998e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.27117e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0061  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna083  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2258  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.0012215  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2259  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00453346  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2260  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00104987  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2261  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000972867  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2262  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0143888  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0069  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.197557 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0505  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00547208  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0045  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115238  normal  0.0333455 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0048  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000361323  normal  0.0154574 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0063  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.748951  normal  0.206184 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0032  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.167731 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0027  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000271545  normal  0.890927 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0028  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000281515  normal  0.867908 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0026  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000028925  normal  0.89976 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0025  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000839406  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0042  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000000507757  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0033  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00294009  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0018  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.130391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0027  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0290112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0024  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0281562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0044  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0294288  normal  0.154046 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0064  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.360128 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAsp02  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 80 bp  121  1.9999999999999998e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0026  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.472437 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0024  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.603118 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0067  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.198137 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0024  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000320512  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna153  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.908141  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna047  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna036  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna092  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00954966  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna061  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0036  tRNA-Asp  97.01 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00224003  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0040  tRNA-Asp  97.01 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00699414  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3140t  tRNA-Asp  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.575173  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3185t  tRNA-Asp  94.59 
 
 		 75 bp  115  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.643371  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3181t  tRNA-Asp  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.162425  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3115t  tRNA-Asp  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3209t  tRNA-Asp  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0309  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00580589  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0048  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.00000000000611669  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS04530  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000141295  normal  0.307347 
 
 
-
 
NC_003295  RS04532  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000147754  normal  0.326987 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0284  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.83496 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0020  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.252026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0042  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0046  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.364984  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0019  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0571821  normal  0.107747 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0017  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0432002  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0025  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000547625  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0028  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  unclonable  0.00000000000186167  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0292  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.865934  normal  0.882483 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4106  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0030  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0040  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.291088  normal  0.300021 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0043  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000193978  normal  0.0518399 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0020  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.015357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0038  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.574609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0021  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0325051  normal  0.108203 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0051  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.942315 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0023  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.700575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0043  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.555822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0279  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.703656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0290  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0426135  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0303  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0295  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0406525  normal  0.534854 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4227  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.297945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0298  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0277  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4121  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4178  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4286  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.706333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0039  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0049  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.529463  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00004  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt20  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0050  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000296648  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0047  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000477067  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0041  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109501  normal  0.0527209 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0018  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0114  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0124  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0027  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000494544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0108  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00436109  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>