174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_R0007 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  182  1e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.715121  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1302  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 91 bp  87.7  4e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1359  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 93 bp  87.7  4e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.89612  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 93 bp  79.8  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2055  tRNA-Ser  86.02 
 
 		 93 bp  67.9  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.311721  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0031  tRNA-Ser  86.02 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0876919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0742703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00891342 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.589584  normal  0.364354 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.327618  normal  0.0398256 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0012  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0470905  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.802654  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0101109  normal  0.0876341 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0213479 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0022  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0042  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.399999  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0041  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.562002  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000237052  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0030  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.191497  normal  0.473607 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0011  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0060178  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0057  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 97 bp  50.1  0.00009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000328562  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0047  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0212707  normal  0.0426305 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0033  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.374525 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t17  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0033  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.985807  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0038  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.231561  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0038  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0014  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0052  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 96 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0340813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0029  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0203924  normal  0.277974 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0050  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0163421  hitchhiker  0.00837665 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0044  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00104737  normal  0.145686 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.317107  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt17  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_SetmRNA1  sRNA  96.15 
 
 		 359 bp  44.1  0.006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0030  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.596087  normal  0.116932 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0008    96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0798492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0034  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 96 bp  44.1  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0002  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0003  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0003  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0016  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0009  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.4364  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0032  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0042  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00852582  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0061  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.318482  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0031  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.110532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 96 bp  44.1  0.006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0025  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0017    96.15 
 
 		 400 bp  44.1  0.006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0039  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.801401  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0054  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 95 bp  44.1  0.006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.582085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 95 bp  44.1  0.006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0049  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0044  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0050  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0567726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0004  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.442962  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0020  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474391  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1783  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.762858  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4609  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0016  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25212  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0001  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.981732 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0060  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0238234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  96.15 
 
 		 126 bp  44.1  0.006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0004  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0001  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000971993  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>