82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_R0030 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.191497  normal  0.473607 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0034  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.626616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0047  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.327618  normal  0.0398256 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0024  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0041  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.589584  normal  0.364354 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0035  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.802654  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0048  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0101109  normal  0.0876341 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0049  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0044  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0213479 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0019  tRNA-Ser  92.94 
 
 		 91 bp  113  7.000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.698383 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0035  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  109  1e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0021  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  95.6  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0175926  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0042  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.399999  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0029  tRNA-Ser  90.79 
 
 		 91 bp  87.7  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23919  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0052  tRNA-Ser  90.79 
 
 		 91 bp  87.7  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.258568  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0047  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 91 bp  79.8  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0212707  normal  0.0426305 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0016  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.504392 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0030  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00350968  decreased coverage  0.0000118989 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0059  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000963378  hitchhiker  0.00000000000285313 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0030  tRNA-Ser  95 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.596087  normal  0.116932 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0036  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688413  normal  0.378449 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0029  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467256 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0062  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0062  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1078  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381421  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0631  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.985518  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0533  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2051  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03460  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.12073  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0024  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.220366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0785  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1941  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0070  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.399314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2014  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0295784  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0034  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0033  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.597346 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0088  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0062  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0060  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0039  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0742703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0032  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00891342 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0012  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0470905  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0007  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.715121  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1359  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.89612  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1302  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0005  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0062  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0039  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000237052  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0008  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.682729 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0057  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 97 bp  46.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000328562  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0058  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0009  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0496471  hitchhiker  0.00256028 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0012  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1985  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0003  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000169546  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0039  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0031  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 95 bp  44.1  0.006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0583145  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0032  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0576643  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0033  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000268817  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0058  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0072  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0637954 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0051  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3071  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.21271  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1566  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.220186  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0057  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0065  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.10378  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0795  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0028  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.343811  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2627  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.105865  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2985  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.164752  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3037  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0020  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474391  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0020  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000279597  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>