122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_R0072 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_R0065  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  182  1e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.10378  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0072  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  182  1e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0637954 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0058  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 92 bp  103  7e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0085  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0046  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  86.21 
 
 		 126 bp  71.9  0.00000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0078  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.412983 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  88.71 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  88.71 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0050  tRNA-Ser  88.71 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  67.9  0.0000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0029  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.559741  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0055  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.953649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0004  tRNA-Ser  92 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.231832  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  89.29 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0020  tRNA-Ser  86.89 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.178349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0023  tRNA-Ser  86.89 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  83.7 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  83.7 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0001  tRNA-Ser  84.09 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0020  tRNA-Ser  88.46 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.79696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  85.94 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6026  tRNA-Ser  88.46 
 
 		 89 bp  56  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.045296 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0042  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.713884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2302  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0031267  hitchhiker  2.33425e-18 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0044  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.919429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0028  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.208638  hitchhiker  0.00938841 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2241  tRNA-Ser  87.04 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2328  tRNA-Ser  87.04 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0176305  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0004  tRNA-Ser  85.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0007  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000441599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0039  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0029  tRNA-Ser  85.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0695798 
 
 
-
 
NC_002950  PGt19  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00413231 
 
 
-
 
NC_006368  lppt15  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt15  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2567  tRNA-Tyr  100 
 
 		 81 bp  50.1  0.00009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0090  tRNA-Tyr  100 
 
 		 81 bp  50.1  0.00009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0007  tRNA-Ser  86.79 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0015  tRNA-Ser  85.25 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.369834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1149  tRNA-Ser  87.76 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000101348  hitchhiker  0.0000000000000214207 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0969  tRNA-Ser  87.76 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000352025  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2818  tRNA-Ser  87.76 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000985587  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.232156  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.87296e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0048  tRNA-Ser  84.38 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0045  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.331692  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1783  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.762858  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0005  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.179049 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0095  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t35  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt020  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000431607  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0014  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00196818  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0745  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0031  tRNA-Ser  84.13 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.52176  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0065  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.211097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0077  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.361523 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  84.13 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0046  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer01  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.454319  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  84.13 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6020  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0019  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.698383 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0013  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0063  tRNA-Ser  85.48 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.874124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0583145  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0576643  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000268817  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26140  tRNA-Ser  83.58 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0058  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.337917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0030  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.191497  normal  0.473607 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0045  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000150485  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0031  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.110532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0004  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.442962  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0038  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000308763  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1981  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1653  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0029  tRNA-Ser  83.87 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.578587  hitchhiker  0.00382784 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0058  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>