70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_R0062 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  176  6e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00891342 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0742703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.327618  normal  0.0398256 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.589584  normal  0.364354 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.802654  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0213479 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0101109  normal  0.0876341 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000237052  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0008  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4577  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1302  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0012  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0470905  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1359  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.89612  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.715121  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0057  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 97 bp  52  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000328562  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0019  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.698383 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0016  tRNA-Ser  84.27 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25212  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.626616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0020  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00000608606  hitchhiker  0.0000000136932 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0030  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.191497  normal  0.473607 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0052  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.258568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0001  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t35  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0012  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0061  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.318482  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0046  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0047  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0212707  normal  0.0426305 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1783  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.762858  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt17  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0011  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0009  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0496471  hitchhiker  0.00256028 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000625255  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0052  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.360325 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0033  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.374525 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0058  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  44.1  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000154227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0049  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430745  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t15  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  44.1  0.005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.168355  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0017  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00474021  normal  0.100605 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198819  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0042  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.399999  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNASerVIMSS1309150  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309347  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00233561 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309256  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.123875 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNASerVIMSS1309192  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNASerVIMSS1309125  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309074  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0044  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0011  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0060178  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0049  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0031  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.981637  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.107228  normal  0.17939 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0023  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0036  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000391887  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>