186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_R0010 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_R0010  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  182  1e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000388656  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.417129  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0018  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.836687 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0008    96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0798492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0026  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23198  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0002  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0003  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0003  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0016  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0009  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.4364  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0061  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.318482  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0308  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0059  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA5  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0419374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1783  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.762858  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0003  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.642958  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0068  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 96 bp  54  0.000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.548362  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0833  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0036  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0036  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.325342  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0031  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.981637  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0063  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.6315500000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.569209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000625255  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0046  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0018  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0238889  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0031  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.110532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0004  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.442962  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0001  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0042  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.713884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0029  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0039  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0027  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000116718  hitchhiker  6.42112e-17 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t35  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0008  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0006  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_R0013  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_R0004  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_R0045  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.824149  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_R0001  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.223557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0046  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.574265  normal  0.350655 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_R0001  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00148219  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_R0008  tRNA-Arg  100 
 
 		 78 bp  48.1  0.0004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0006  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00050  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000206027  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.35698e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3134  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000254951  hitchhiker  0.00502595 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3027  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000838388  decreased coverage  0.00000641147 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0004  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t15  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2944  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000934837  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3011  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00423056  hitchhiker  0.0000219403 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_R0061  tRNA-Ser  100 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.488767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0203  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.829329  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0042  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00852582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0002  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.325318  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0041  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.416329 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0001  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0006  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0906398  normal  0.0288361 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0074  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000641426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0076  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000654825  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0078  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000727042  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0045  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000011189  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0015  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0052  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0001  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3291  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.24422e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0001  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.981732 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3130t  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03505  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03508  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4692  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.17965e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5063  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000188963  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000107168  unclonable  0.00000000962394 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2976  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000227205  decreased coverage  0.0000509713 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0032  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0075389 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0055  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267129  decreased coverage  0.00667761 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0897  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000417881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0002  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0004  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3941  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000307752  normal  0.728872 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000379646  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000116075  hitchhiker  0.00382686 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>