75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_R0023 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00220081 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0046  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 85 bp  99.6  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t09173  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 85 bp  99.6  1e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.694457  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0050  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  99.6  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0056  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  99.6  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.506019  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 88 bp  89.7  1e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0015  tRNA-Ser  87.8 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00194399  normal  0.157065 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0095  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0065  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.211097  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt19  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 88 bp  69.9  0.00000000009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00413231 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0003  tRNA-Ser  90.74 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0028  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.208638  hitchhiker  0.00938841 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6020  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lplt15  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt15  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0014  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0936822 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1758  tRNA-Ser  85.51 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1542  tRNA-Ser  85.51 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1981  tRNA-Ser  85.51 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 90 bp  58  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0028  tRNA-Ser  85.51 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000693874  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  85.51 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0077  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.361523 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  89.58 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  54  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0583145  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  54  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0576643  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  54  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000268817  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0044  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00564577 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer01  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.454319  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0056  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.189519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0054  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4308  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12770  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 88 bp  50.1  0.00008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0039  tRNA-Ser  83.56 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0018  tRNA-Ser  83.56 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0004  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.442962  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0029  tRNA-Ser  83.53 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0042  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.713884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0031  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.110532  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.710531 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0056  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.124384  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0043  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0965121  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0056  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.129701  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0055  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.362894 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0039  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0054  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.35196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0081  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000993348  decreased coverage  0.0000000440433 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000406905  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0046  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000379468  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0007  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0055  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.265922  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0008  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.323881 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0003  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0007  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0054  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0003  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0002  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t35  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0008    96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0798492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0002  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0003  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.642958  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0016  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0009  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.4364  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0011  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0061  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.318482  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0041  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.926323  normal  0.128677 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1785  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0059  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNASerVIMSS1309197  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.159743  normal  0.113678 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA5  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0419374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1783  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.762858  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0026  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23198  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0042  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>